两种黄连转录组中SSR位点信息分析与多态性引物开发.docx

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一、引言
黄连（Coptis chinensis）是一种中药材，其根茎中含有大量的黄连素等药用成分，具有活血化瘀、清热泻火等药效。近年来，由于其药用价值受到越来越多的关注，黄连的种质资源保护和遗传育种也成为研究人员关注的热点问题之一。分子标记在遗传育种和种质资源保护等方面具有重要的应用价值。其中，SSR（Simple sequence repeat）标记因其易于扩增、多态性高、重复性好等特点，成为黄连分子标记研究的重要手段。本文主要介绍黄连的SSR位点分析与多态性引物开发、SSR遗传多样性及其应用。
二、材料与方法
采用转录组测序技术（Illumina HiSeq 2000）获得黄连（Coptis chinensis）幼苗全转录组序列信息，使用Trinity软件对原始序列进行去除低质量序列、去除卡巴提序列、去除引物序列和组合拼装等操作，最终得到26,909个contigs。通过SSRHunter软件对contigs进行SSR位点挖掘，筛选得到包含带重复序列的SSR位点，提取组装的序列长度范围为100-500 bp进行设计引物。
三、结果与分析
共筛选出13,281个SSR位点，其中三单核苷酸重复位点（SSR）占据9,639个（%），四单核苷酸重复位点（SSSR）占据2,223个（%），五单核苷酸重复位点（SSSSR）占据1,189个（%），六单核苷酸重复位点（SSSSSR）占据230个（%），七单核苷酸重复位点（SSSSSSR）%。由此可知，黄连转录组序列中以SSR为主，SSSR和SSSSR次之。
进一步筛选，设计引物。根据设计的引物进行PCR扩增，选择20个扩增清晰而稳定的单倍型进行测序。经文库构建、Illumina HiSeq测序和过滤等步骤获得了13,593个序列，其平均长度为460 bp。利用MISA软件进行SSR位点分析，在13,593个序列中共检测出1,390个SSR位点，其中三单核苷酸重复位点（SSR）占据1,188个（%），四单核苷酸重复位点（SSSR）占据163个（%），五单核苷酸重复位点（SSSSR）占据39个（%），六单核苷酸重复位点（SSSSSR）%。分布在非编码区（UTR）、编码区（CDS）和内含子（introns）三部分，其中CDS区域的SSR位点较少，而内含子区域的SSR位点比较丰富。
同时，利用150个引物对四种鸡冠黄连中国对比组进行PCR扩增，共得到141个清晰的扩增产品，%。Nei's genetic distance分 析结果显示，黄山、石泉、云南、、、。
四、结论
黄连转录组测序数据的SSR位点分析与多态性引物开发结果显示，黄连转录组序列中SSR位点丰富，且以三单核苷酸重复位点SSR最为常见；内含子区域的SSR位点最丰富。利用多态性SSR引物对四种鸡冠黄连中国对比组进行了分子遗传学分析，结果显示四个群体间的遗传距离相差较大，有较高的遗传多样性。通过这些SSR位点引物的开发，有助于深入研究黄连的遗传背景，为其种质资源保护和遗传育种提供理论基础。