癌旁肺组织基因表达谱与肺鳞癌进展相关性及研究.ppt

癌旁肺组织基因表达谱与肺鳞癌进展的相关性研究
曹邦荣,冯林,刘宇,高燕宁,张开泰,程书钧

北京协和医学院肿瘤医院肿瘤研究所,病因及癌变研究室,北京100021
慢性炎症与肿瘤
癌旁组织广泛存在炎症反应。
炎症反应诱发局部DNA损伤,诱导EMT,诱导血管生成。
慢性炎症与肝癌,胃癌,结直肠癌,肺癌的发生具有重要关系。
癌旁组织与某些肿瘤的预后相关
肝癌癌旁组织的基因表达谱肝癌预后相关( Budhu et al.,2006)。
肺腺癌癌旁组织中15个细胞因子的表达谱与肺腺癌转移相关( Seike et al.,2007)。
研究背景
样本
15例非癌症病人外周肺组织。
60例原发性肺鳞癌病人癌旁肺组织。
技术手段
Agilent 4×44k 基因表达谱芯片分析。
基于表达谱的基因网络分析。
现有Pathway的GSEA分析。
研究目的:
探索癌旁肺组织与肺鳞癌发生发展的关系
实验方案:
癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析
肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析
针对Pathway的GSEA分析
实验结果
癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析
经过非配对T检验,校正P值为6×10-5,得到2595个差异探针。
聚类分析
实验结果
肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析
表达数据预处理
标准化。
同一个基因选取表达均值最大的探针。
选取在60例肺鳞癌癌旁组织中表达变异最大的前2000个基因进行网络分析。
“A”分析
work。
Scan work 。
实验结果
13 modules: 13 works
参数设定
实验结果:肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析
基因网络概况
实验结果:肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析
各基因网络与临床表形的相关性
实验结果:肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析