人类基因组计划.ppt

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生物信息学 Bioinformatics
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Bioinformatics
第一章:生物信息学引论
第二章:分子生物学基础
第三章:序列比较
第四章:生物分子数据库
第五章:DNA序列分析
第六章:系统发生分析
第七章:转录调控的信息学分析
第八章:蛋白质结构预测
第九章:生物信息学在基因芯片中的应用
第十章:数据挖掘与基因表达调控信息分析
第十一章:计算表观遗传学
第十二章:生物信息学发展现状及趋势
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主要参考书目
《Bioinformatics》
《生物信息学与功能基因组学》,[美] Jonathan Pevsner 著,孙之荣主译,化学工业出版社
《生物信息学》(863高科技丛书),赵(中科院上海生命科学院), 科学出版社
《生物信息学—基因和蛋白质分析的使用指南》, 李衍达(清华大学),清华大学出版社
《生物信息学手册》,郝柏林(中科院物理所),上海科学技术出版社
《简明生物信息学》,钟扬(复旦大学),高等教育出版社
《表观遗传学》,《系统生物学》
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第一章生物信息学引论
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生物学背景
基因组、蛋白质组、转录组、表观修饰信号等数据
统计分析算法
相关性分析、距离参数、主成分分析、假设检验、贝叶斯判别分析等等
计算机语言
C语言、perl语言、R语言、Matlab等等
生物信息学基础
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本章内容
第一节引言
第二节生物信息学的发展历史
第三节人类基因组计划和基因组信息学
第四节蛋白质结构与功能关系的研究
第五节目前生物信息学主要研究内容
第六节生物信息学所用的方法和技术
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第一节引言
生命信息的组织、
传递、表达
物理
化学
分子
生物学
遗传学
计算机
科学
数学
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1、生物信息学概念
HGP生物数据的激增
每15个月翻一番
生物学家
数学家
物理学家
计算机科学家
生物信息学(Bioinformatics)
诞生
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什么是生物信息学?
收集、维护、传播、分析和可视化在分子生物学研究中获得的大量数据。
生物信息学(bioinformatics)是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。它通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析,进而达到揭示数据所蕴含的生物学意义的目的。
当前,生物信息学发展的主要推动力来自分子生物学,生物信息学的研究主要集中于核苷酸和氨基酸序列的存储、分类、检索和分析等方面,所以目前生物信息学可以狭义地定义为:
将计算机科学和数学应用于生物大分子信息的获取、加工、存储、分类、检索与分析,以达到理解这些生物大分子信息的生物学意义的交叉学科。
现代分子生物学的发展,特别是人基因组计划的实施,使生物学家所面对的数据不再是实验记录本上或文献上的几行简单数字,而是公共数据库中数以千兆计的记录。( M(106) → G(109)→T(1012))
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什么是生物信息学?
基因组信息是生物信息中最基本的表达形式,并且基因组信息量在生物信息量中占有极大的比重,但是,生物信息并不仅限于基因组信息,生物信息学也不等于是基因组信息学。广义的说,生物信息不仅包括基因组信息,如基因的DNA序列、染色体定位,也包括基因产物(蛋白质或RNA)的结构和功能及各生物种间的进化关系等其他信息资源。