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中国药科大学
本科毕业论文
论文题目 RPE65蛋白质的结构预测
英文题目 Structure Prediction of the RPE65 Protein
专业海洋药学
院部生命科学与技术学院
学号 0643522
姓名王婧
指导教师郭城(研究生)方慧生教授陈凯先(院士)
课题
完成场所中国药科大学江宁校区生物信息学教研室
论文工作时间: 2010 年 3 月至 2010 年 6 月
RPE65蛋白质的结构预测
目录
摘要………………………………………………………………………………1
前言………………………………………………………………………………2
第一章背景介绍…………………………………………………………………3生物信息学在蛋白质结构预测中的应用………………………………………3
第二章 RPE65基因蛋白概述……………………………………………………6
RPE65基因蛋白的功能………………………………………………………6
RPE65蛋白质基因的组成…………………………………………………6
第三章 RPE65的3D结构模型预测………………………………………………9
3D-PSSM获得RPE65的初步模型信息………………………………………9
SCWRL软件预测侧链坐标…………………………………………………10
Jackal软件包对模型的修饰………………………………………………12
第四章结果和讨论……………………………………………………………14
第五章视网膜色素变性研究进展……………………………………………18
参考文献…………………………………………………………………………20
致谢………………………………………………………………………………21
RPE65蛋白质的结构预测
0643522 王婧
摘要:应用生物信息学的方法对蛋白质结构的预测,为进一步研究蛋白质的生物学功能开辟了一个新的领域。本课题的提出是通过生物信息学软件预测RPE65蛋白质的三级结构,并根据获得的三维结构模型,对其蛋白质功能的可能机制进行讨论,进而为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据。
关键词:蛋白质结构预测,视网膜,RPE65
Structure Prediction of the RPE65 Protein
Abstract:Using bioinformatics methods for protein structure prediction opens a new area for further study of protein biological function. The topic proposed by bioinformatics method to predict the natural conformation of RPE65 and its structures, according to obtained three-dimensional structure model of the protein to discuss its function and possible mechanisms. This method also provides a reliable basis for designing new proteins and modified proteins.
Keywords:protein structure prediction; retina; RPE65
前言
视紫红质是感光细胞中的一种视色素,在光线的接收和视觉电位的产生方面具有重要的生理作用,由视紫红质介导的过度光信号传导是光性视网膜变性的主要原因。近年的研究表明,视网膜色素上皮细胞中的RPE65蛋白作为影响视紫红质再生的关键因素,与视网膜光损伤的易感性密切相关[1]。
随着近年来生物信息学的快速发展,我们在该课题中应用生物信息学的研究方法对RPE65蛋白质的结构进行预测。
生物信息学的一项重要研究是从蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质结构。它的重点研究问题包括:有效建立“低同源性蛋白质比对方法”,为大部分蛋白质天然构象能够得到准确预测提供有效的基础方法;在从头预测方法中,建立较为准确的力场和有效的构象搜索算法,达到准确快速预测目的;建立准确有效地判断蛋白质天然构象预测模型质量的方法。
可见通过生物信息学的方法对蛋白质结构的预测,为进一步研究蛋白质的生物学功能开辟了一个新的领域。所谓的蛋白质结构预测就是如何从蛋白质的氨基酸序列预测出其空间结构。由于蛋白质的生物学功能在很大程度上依赖于其空间结构, 因此进行蛋白质的