镍离子细胞毒性差异表达基因生物信息学分析.pdf

东南大学
硕士学位论文
镍离子细胞毒性差异表达基因生物信息学分析
姓名:孙排正
申请学位级别:硕士
专业:凝聚态物理
指导教师:吕晓迎;杨永宏
20080228
摘要逑到胁钜毂泶锘表达数据进行样本和基冈聚类,将聚类结果按表达模式分类,详细描述各类基因表达变化;功能分类,通过差异表达基冈的富集程度来寻找实验条什相关的基因功能类;利用的机理的新途径,为建立基于基冈表达芯片技术的生物材料相容性评价的新方法打下基处理或更长的时间大量基因的表达有一定的相似性。并且将聚类结果按表达模式组两个实验组被聚类在一起,说明这两个实验组的筹异表达状况相似,可能也说明在短时间内细胞对这两个浓度”的应激响应过程类似;.:组和榫劾嘣谝黄穑偷ザ婪治实验本论文的研究目的之一是枉实验室前期对疞和疞两种浓度的镍离子细胞毒性基冈表达芯片实验的基础上,采用生物信息学的分析方法,对镍离子细胞毒性基冈表达芯片实验数据进行分析,从荩冈组水平上探索’离子对细胞毒性的分子机理,评价其分子生物相容性。分析的对象是疞两种浓度的镍离子作用小鼠结缔组织成纤维细胞前后的基因表达谱实验数据,利用软件对基冈利用基于怨δ芊掷嗵逑档腉砑ú钜毂泶锘蚪分析平台对差异表达数据进行基冈作用网络和路径分析,结合文献知识探讨。离子对细胞的分子毒性机理。研究目的之翘剿餮芯可锊牧嫌牖逑嗷プ础。本论文的具体魅缦拢韑疞两种浓度的镍离子细胞毒性基冈表达芯片实验的实验数据,筛选出每个实验组在两次实验中均差异表达、表达趋势一致且有基因标识的基因。统计疞两种浓度的镍离子分别作用细胞、的差异表达基冈,分析筹异表达数据的变化趋势,并对两个浓度各实验组的差异表达数据进行比较,对镍离子可能导致的差异表达情况趋势的变化进行简单讨论。薩砑圆钜毂泶锸萁芯劾喾治觯紫榷疞镍离子作用细胞、发生差异表达的个基因进行层次聚类分析,痸’处理笛樽橛实验组的基因表达差异情况最相似,可能说明了在分类,详细描述各类基因表达变化情况。接着又对/疞两个浓度“作用细胞所有发生差异表达的基冈进行聚类分析,.橛畉这两个实验组的差异表达情况相似,可能说明时基因的差异表达在这两组是的聚类结果一致,说明这两个实验组的基因表达情况很类似。蒧蚬δ芊掷嗳砑礼谰軬因的功能分类,通过基因在给分类中的富集情况分析与差异表达基因相关的功能类。分析结果显示在细胞过程、应激、发育、生理过程、生物过程的调节、结合、信号传导活性、转录调控活性、运输活性、催化活性等功能类中有较多的差异表达基因出现。肐分析系统,分析硐胞的八个时间组所有发生过差异表达的基因,生成基冈网络觥O晗柑致矍个基因网络。通过对调控网络中基因功能和关系的综合分析,结合文献资料总结镍离子对细胞正常生命活动可能产生的部分直接或间接的影响。关键词:基因表达芯片:分子生物相容性;离子;聚类:本论文得到了国家自然科学基金嗪牛】淖手摘蛰“;
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器研究生签名:。尽我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研完成果,也不包含为获得东南大学或其它教育机构电子文档的内容和纸质论文的内容相一致。除在保密期内的保密论文外,允许论文被查阅和借阅,可以公布ǹ论文的全部或部分内容。论文的公布括刊登谌ǘ洗笱а芯可喊炖怼的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论丈中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名东南大学,,可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文。本人期
,逐渐成为一个新的研究领域。各种研究方法也逐步进入这一领域,如酶联免疫吸附试验、基因表达芯片技术等】。虽然目前基因表达芯片技术在医药领域的应用仍然存在着一些生物信息学已经成为基因表达芯片实验数据后期更深层次处理和分析过程中必不可少的方法。利生物分子数据。通过收集、组织、管理生物分子数据,使研究人员能够迅速地获得和方便地使生物材料或叫生物医用材料,是∩锵低臣膊〉恼锒稀⒅瘟啤⑿薷椿蛱婊生物体组织或器官,增进或恢复其功能的材料⋯。进入世纪,生物材料日箍崛起和壮大,生物材料的种类也越来越丰富。各种生物材料麻。锾澹肷锵低诚嗷プ鱆,对组织的安全和生命的健康密切相关,生物材料的安全性倍受人们的关注和重视。为保证生物材料的安全有放。必须对其进行严格的安全评价,其中非常重要的