简单地说,小哀被波本抓,柯南去组织的总部去救,小兰偷偷跟着小五郎去找目暮。快斗被贝尔摩得的一个电话叫去保护柯南。总之,各方势力全部聚集到组织总部——日本游就馆的地下基地。经过激战,伏特加被柯南打晕,吉安蒂被冲矢昴解决,科恩使诈重伤服部,但被柯南的新装备气雾枪击中昏死过去。GIN被迫和冲矢昴在游就馆里对狙。波本保护着那位先生进入秘密实验室。这个实验室的墙里藏着小哀父母的遗体。柯南找到被囚的小哀带着她一起踩着滑板波本进入实验室里,并推理出那位先生的真实身份——黑羽盗一。波本被早就躲在暗处的贝尔摩得击毙。那位先生设下最后一个魔术然后自尽并启动了自爆程序,他死前告诉柯南,APTX4869的解药只剩下一粒半,那半颗只有副作用,就是失忆。那位先生倒在了贝尔摩得的怀里。柯南、小哀和贝尔摩得一级快斗被锁在铁门里出不去。小哀向柯南表白,说喜欢的是柯南,而不是新一。柯南用新装备液氢刀划开门锁,并用剪切增稠软梯和背带使两人逃了出来。快斗为了破解那个超世纪的魔术而没能及时逃出,贝尔摩得也没能出来。柯南服下解药变回新一,小哀毫不犹豫的服下那半颗解药,说既然从小就不幸福,不如再活一次。当小兰赶到时,目暮警官已经带着小哀和冲矢昴去医院了。新一鼓起勇气对小兰表白,小兰哭着骂他为什么不早说,把小五郎和妃英理吓了一跳。小兰问柯南的去向,新一说柯南已经被父母接走了。和叶把中了麻醉针而在车里昏睡的平次叫了起来。平次在上衣兜里发现了一个小盒子,外面附了一封信,封面注明工藤新一亲启。原来是快斗拜托新一照顾青子并请他把盒子里的东西交给白马探,盒子中放着基德的单片镜。三年后,在有希子的推波助澜下,新一和小兰结婚了。婚礼上,小兰得到一个署名为天使的礼包,里面是贝尔摩得的祝福并表示自己现在过得很好。黑暗组织的波本最终发现了小哀就是雪莉,并发现了柯南的真实身份,但是他错误的判定小哀是柯南的弱点,于是绑架了小哀,并给柯南发了挑战书。贝尔摩的发现了波本的行踪,于是用公共电话把这事告诉了小兰。小兰放心不下小哀,放下电话时发现柯南不见了,于是想叫园子一起去,园子却说去美国找京极真去了。小兰无奈之下只好告诉小五郎。谁知小五郎听到后一脸严肃的告诉小兰这件事她不用管了。小五郎少见的主动给妃英理打了电话,只说了一句话:“该来的已经来了。”然后带着小兰到了妃的律师所。而事务所里只有妃一个人并停业一阵子。妃趁小兰没注意时把她锁在了事务所的密室里,不过还有五郎猫陪着她。毛利夫妇愧疚的告诉小兰他俩当年分居的真正原因是小五郎帮助工藤优作而被被组织盯上,为避免小兰受到伤害才出此下策。小兰也从母亲的话中猜出了妃一直反对小兰和新一交往也是这个原因。因为事务所的密室门用的是高级防盗门,所以小兰踹不开。密室门钥匙在妃出门前掏车钥匙时掉了出来,她却没注意。另一方面,接到挑战书的柯南知道事情严重,于是匆忙的给小兰、服部、铃木次吉朗写了信。给铃木老头的信里夹着给怪盗基德的绝笔书。柯南写完信后给远在美国的父母打了电话,让他们注意身体。优作听到新一的电话后笑着说了一句:“看来我的暗夜男爵要结束了。”柯南听到后心中一震,才知道父母也被卷了进来,因为相信优作的实力同时也是为防万一,于是道别后挂了电话。柯南又从博士那拿到了新装备:剪切增稠软梯、气雾枪和液氢刀。柯南再一次独身一人来到约定地点,波本终于现出了真面目:假的赤井秀一,不过他为了混进FBI而像日园
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