生物医学信息学的重要数据库(简) 免疫与病原生物学系西安交通大学医学院医学分子病毒研究所楚雍烈教授研究生教学与实验中心第一节第一节引言引言生物分子数据高速增长分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据建立生物分子数据库一、生物信息学数据库产生背景?人类基因组计划(破译人类的遗传密码) ?大规模基因测序: 每年 2亿多个 DNA 序列碱基测定, >100 亿. ?大型计算机的数据处理能力:数万亿次/秒?因特网的发展生物信息学数据库网络化资源共享化大量产生 DNA 核酸序列 DNA 核酸序列蛋白质氨基酸序列蛋白质氨基酸序列蛋白质结构蛋白质结构蛋白质功能蛋白质功能最基本的生物信息维持生命活动的机器第一部遗传密码第二部遗传密码? 生命体系千姿百态的变化生物分子数据及其关系生物信息重要?第一部遗传密码已被破译,但对密码的转录过程还不清楚,对大多数 DNA 非编码区域的功能还知之甚少?对于第二部密码,目前则只能用统计学的方法进行分析?无论是第一部遗传密码,还是第二部遗传密码,都隐藏在大量的生物分子数据之中。随着生物信息学(Bioinformatics) 发展, 通过检索数据库进行核酸序列同源性检索,电子基因定位、电子延伸、电子克隆和电子表达以及蛋白质功能分析、基因鉴定等方面起到了重要作用,已成为人们认识生物个体生长发育、繁殖分化、遗传变异、疾病发生、衰老死亡等生命过程的有力工具。二、广为应用,迫切需要生物分子数据是宝藏,生物信息数据库是金矿, 等待我们去挖掘和利用。实验数据信息知识收集表示分析建模刻画特征比较推理应用基因工程蛋白质设计疾病诊断疾病治疗开发新药生物分子信息处理流程三、数据库的产生?生物分子数据库应满足 5个方面的需求?(1)时间性?(2)注释?(3)支撑数据?(4)数据质量?(5)集成性生物信息学对知识和信息进行总结与提炼。在此过程中,形成了知识数据库、数据分析算法以及各种各样的计算机软件。生物分子数据库几个明显的特征: 生物分子数据库几个明显的特征: (1)数据库的更新速度不断加快数据量呈指数增长趋势(2)数据库使用频率增长更快(3)数据库的复杂程度不断增加(4)数据库网络化(5)面向应用(6)先进的软硬件配置《 Nucleic Acids Research 》每年第一期为数据库专辑《 Database issue 》
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