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分子生物论文.doc江豚线粒体DNA控制区结构和群体遗传多样性分析彭科兰导读:从2012年3月3日到4月17日的43天之内,洞庭湖区域却发生12头江豚死亡事件。中科院水生所豚类研究专家王丁在接受记者专访时表示,12头的数量已经到了不可容忍的地步,这将预示着洞庭湖江豚有可能成为长江流域最早灭绝的种群。整个长江流域这一物种也仅仅只剩下约1200头左右,其种群数量甚至已经比国宝大熊猫还少;江西鄱阳湖是江豚最重要的栖息地,约300至500头,占整个长江流域江豚数量的三分之一。江豚分布范围较广,如西太平样、印度洋、日本海和中国沿海等热带至暖温带水域,在中国见于渤海、黄海、东海、南海和长江等水域,在长江甚至能上溯到宜昌和洞庭湖一带。摘要:采用PCR产物直接测序技术分别获得来自西太平样、印度洋、日本海和中国沿海水域及渤海、黄海、东海、南海和长江水域江豚群体的线粒体DNA控制区(mtDNAD・loop)全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异。江豚种群的遗传结构及遗传多样性水平研究,有助于我们了解该物种群体的遗传结构和种群恢复潜力,从而有针对性地制定保护和管理策略。关键词:江豚;线粒体DNAD-loop;PCR扩增及序列测定;单倍型;遗传变异;核昔酸多样度;长江江豚是江豚唯一的淡水亚种,仅分布于长江中下游干流以及洞庭湖和鄱阳湖等区域中,在地球生活已有2500万年。2006年,中国联合7个国家调查长江干流江豚,为1200多头,种群数量已经少于大熊猫。宜昌到上海水域,%,如果不加以保护,估计多年后,野生江豚将灭绝。由于自然环境的变迁、水位下降、水质恶化、江湖淤积、食饵减少等给江豚的繁殖与生长带来了威胁。加之,滥捕对亲豚和幼豚杀伤力极大,导致长江、洞庭湖江豚资源锐减[1]o大多数人认为人类活动是导致白豚和长江江豚种群数量快速下降的主因素。然而一个物种种群数量的下降除了客观存在的外部原因外,必然有其固有在原因。如创立者效应(Foundereffect)[3]x遗传漂变(icdrift)[4]、近交衰退(In・breedingdecline)[5],等,,用于研究种群遗传变异的方法很多,但DNA序列分析是其中最直接最可靠的方法。在进行DNA序列分析时,可以选择不同的基因。线粒体DNA(mtDNA)具有母系遗传和进化速率较快等优点,现已成为探讨物种系统发生和种内遗传分化的有效遗传标记。mtDNA控制区(D-loop)为非编码区,因缺乏编码的选择压力而比其它线粒体基因的进化速率更快[2],,分析了其序列结构,识别了控制区序列的终止序列区(TAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)等区域,在此基础上研究了4个不同地理种群的群体遗传学特征,期望深入了解我国江豚群体的遗传背景,发掘我国江豚群体遗传潜力,为江豚联合育种项目积累基础数据。(2组分别5个重复)地理来源1:西太平样、印度洋、日本海,中国沿海水域的江豚样本地理来源2:渤海、黄海、东海、,采用常规的酚•氯仿法提取基因组DNA,1%的琼脂糖凝胶电泳检