MEGA软件——系统发育树构建方法（图文讲解）
12月02日 ⁄ Evolution ⁄ 字号 小 中 大 ⁄ 评论 3 条 ⁄ 阅读 3,872 次 [点击加入在线收藏夹]
一、序列文本准备
构树之前先将目标基因序列全部分别保留为txt文本文件中（或把全部序列保留在同一个txt文本中,能够用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行 编辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。文件名名称能够已经您想法随意编辑。
二、序列导入到Mega 5软件
（1）打开Mega 5软件，界面以下
（2）导入需要构建系统发育树目标序列
OK
选择分析序列类型（假如是DNA序列，点击DNA，假如是蛋白序列，点击Protein）
出现新对话框，创建新数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。
（3）序列比对分析
点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基
（4）系统发育分析
关闭窗口，选择保留文件路径，自定义文件名称
三、系统发育树构建
依据不一样分析目标，选择对应分析算法，本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算
计算完成后，生成系统发育树。
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