蛋白质结构预测.doc

实习 5 ： 蛋白质结构预测
学号 20090***** 姓名 ****** 专业年级 生命生技****
实验时间 提交报告时间
实验目的：

-MODEL进行蛋白质高级结构预测
实验内容：
分别用GOR和HNN方法预测蛋白质序列的二级结构，并对比异同性。
利用SWISS-MODEL进行蛋白质的三级结构预测，并对预测结果进行解释。
作业：
1. 搜索一条你感兴趣的蛋白质序列，分别用GOR和HNN进行二级结构预测，解释预测结果，分析两个方法结果有何异同。
答：所选用蛋白质序列为>>gi|390408302|gb|| gag protein, partial [Human immunodeficiency virus]
（1）GOR预测结果：
图1
图1是每个氨基酸在序列中所处的状态，可以看出序列的二级结构预测结果为：
1到9位个氨基酸为无规卷曲，10到33位氨基酸为α螺旋,34到37位为β折叠，38到45位为无规卷曲，46到49位为α螺旋，50到53位为无规卷曲，54到65为α螺旋，66到72位为无规卷曲，73到95位为α螺旋，96到101位为无规卷曲，102到108为β折叠，109到115位为无规卷曲，117位为β折叠。
图2
图2为各种结构在序列中所占的比例，其中Alpha %，Extended %，Random %，无他二级结构。
图3
图3为各个氨基酸在序列中的状态以及二级结构在全序列中二级结构分布情况。
（2）HNN预测：
图4
图4是每个氨基酸在序列中所处的状态，可以看出序列的二级结构预测结果为：
1到6位个氨基酸为无规卷曲，7到34位氨基酸为α螺旋,35到37位为β折叠，38位为α螺旋，39到44位为无规卷曲，45到49位为α螺旋，50到55位为无规卷曲，56到65为α螺旋，66到71位为无规卷曲，72到83位为α螺旋，84到86位为无规卷曲，87到95位为α螺旋，96到102为无规卷曲，103到108位为β折叠，108到117位为无规卷曲。
图5
图5为各种结构在序列中所占的比例，其中Alpha %，Extended %，Random %，无他二级结构。
图6
图6为各个氨基酸在序列中的状态以及二级结构在全序列中二级结构分布情况。
比较异同：
比较图3图6看出，GOR预测结果和HNN预测结果总体相似，但是由图1和图4看出，预测给出的结论中存在差异，主要是在不同的二级结构的边界区域的氨基酸所处在的状态存在差异。比如GOR预测结果中，1到9位个氨基酸为无规卷曲，10到33位氨基酸为α螺旋,但是HNN预测结果中，却是1到6位个氨基酸为无规卷曲，7到34位氨基酸为α螺旋，显示在不同二级结构边界处的预测存在较大差异，这种差异可以由图7的对比截图中很容易看出来。