Arlequin地使用说明书.doc

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Arlequin功能的概述
Molecular diversity—分子多态性
Mismatch distribution—错配分布
Haplotype freque纯质性H而得到一个参数
Theata〔s〕: 通过估计观测到的隔离位点S的个数而得到的一个参数
Theata〔k〕: 通过估计观测到的等位基因K的个数
Theata〔π〕通过平均配对差异数而得到的一个参数。
点击Arlequin configuration 出现如下的结果
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点击Browse ,选择要分析的数据，如如下图
点击打开如如下图
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点击project wizard 进展设置，这里面数据的设置，可以通过view project 打开的文本格式来作为参考，进展设置
点击view project 出现的文本格式中包含了所要设置的数据的情况
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设置后，出现如下的数据：
点击Start ,就会进展分析，将会得到一系列的结果。出现的结果在一个与原来的文件名一样的文件夹，运行的结果是Html文件。
AMOVA,是指对分子差异性的分析。它通过对所研究居群进展不同层次的归类和划分，可界定不同的遗传结构并进展统计学检验，从而估计出群体间、群体内以与个体间不同层次所表现出的差异占总变异的多少，这种方法可以讨论不同海拔高度、不同语系、以与地理群体间是否存在相应的遗传变异。
Locus by locus AMOVA 每个基因单独进展分子差异性的分析
Include in individual level for genotypic data 包括个体间金银分歧度协方差组成和相关的固定指数。它计算出的是观察到的基因间的差异。
Number of permutations 用来检测方差组成和固定指数的置换数的值，如果数值是0如此不会有任何检测结果。
pute minimum spanning network among haplotype 利用分子差异计算并绘制单倍型之间的系统树。
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Genetic strcture中的population parision选项，会出现如下的界面
Population paration 计算人群之间不相似指数〔遗传距离〕的大小，如Fst〔短片段的基因的遗传距离〕和Nei’s〔人群之间和人群内部的平均背对差异〕。
putation of Fst：计算所有配对人群的Fst值。
Renyolds’s distance：计算Renyolds’s等线性化的Fst，这适合于分歧时间较短的样本。
Slatkin’s distance：计算源于配对间的Fst的Slatkin’s遗传距离。
Pairwise difference：计算Nei’人群内部和人群之间的平均配对差异数。
pute relative populations：计算所有背对人群之间的相对人群大小，也可以计算人群之间的分析时间。
出现的几个界面的设置
Configuration
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Project wizard
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Import—export
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Structure editor
Arlequin setting
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Arlequin configuration
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ELB setting
AMOVA setting
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LD setting
Neutrality test
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Output
Input文件的建立：
[Profile]
Title="An example of DNA sequence date"
NbSamples=29
GenotypicData=0