生信名词解释.doc

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Small RNA：生物体内一类高度保守的重要的功能分子，其大小在18-30nt，包括microRNA、siRNA、snRNA、snoRNA和piRNA〔piwi-intin Immunoprecipitation sequencing，即染色质免疫共沉淀-测序技术，即通过染色质免疫共沉淀技术特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。对富集得到的DNA片段进展纯化与文库构建，然后进展高通量测序，从而得到全基因组范围内可以与目的蛋白相互作用的DNA片段的方法叫做ChIP-Seq。
数字表达谱：Digital Gene E*pression Profile，利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，能够全面、经济、快速地检测*一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况，即运用特定的酶对mRNA距polyA tail 21-25nt的位置进展酶切，所获得的带polyA尾的序列(Tag)通过高通量测序，该tag被测得的次数即是对应基因的表达值。数字基因表达谱已被广泛应用于根底科学研究、医学研究和药物研发等领域。特点是经济，但获得的数据量有限。假设想获得转录本的更多信息的话，一般都采用转录组测序的方法来测序。
SBS：sequencing by synthesis，边合成边测序反响，是指在DNA聚合酶的作用下延伸碱基所进展的测序。
Run：指高通量测序平台单次上机测序反响。
Lane：也叫channel，单泳道，每条泳道包含2列〔column〕，每列分布有多个小区〔tile〕。不同的测序平台Flow Cell中所含的Lane不一样，如HiSeq 2000是2个flow cell，每个flow cell中含有8个lane；HiSeq 2500是包含2个mini flow cell〔快速运行模式〕和2个high output flow cell，两个模式不能同时运行，其中每个mini flow cell包含2个lane，每个high output flow cell中包含8个lane；Miseq系统的flow cell仅含有1个lane。
Tile：小区，每条Lane中有2列tile，合计120个小区。每个小区上分布数目繁多的簇结合位点。
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Cluster：簇，在Illumina测序平台中会采用桥式PCR方式生产DNA簇，每个DNA簇才能产生亮度到达CCD可以分辨的荧光点。
Inde*：标签，在Illumina平台的多重测序〔Multiple*ed Sequencing〕过程中会使用Inde*来区分样品，并在常规测序完成后，针对Inde*局部额外进展7个循环的测序，通过Inde*的识别，可以在1条Lane中区分12种不同的样品。
Barcode：与Inde*同义，多指在Roche GS FL* 454测序平台的16S PCR产物的测序过程中接头序列所包含的的用来区分不同样本的序列。
PF%：PF%是指符合测序质量标准的簇的百分比，与测序的通量相关联。
Fasta：一种序列存储格式。一个序列文件假设以FASTA格式存储，则每一条序列的第一行以“>〞开头，而跟随“>〞的是序列的ID号〔即唯一的标识符〕及对该序列