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4蛋白质结构-3
GroEL
GroES
（3）Stress-70(Hsp70):
在所有物种中高度保守；单体Mr=70,000
所有成员都有一定的ATP酶活性，帮助从靶蛋白上释放
功能：
识别：
在不同的阶段终止正在核糖体上合成的蛋白质肽链，从而得到一系列不同长度的肽片断（都是以N-端开头），然后观察他们的折叠过程。
（二）研究方法：
快速动力学方法与蛋白质空间结构研究方法相结合，捕捉
蛋白质折叠的中间状态，拼出折叠过程
快速动力学方法：停流法（stopped flow）
温度跃迁法（temperature jump）
超快光谱法等
蛋白质空间结构研究方法：
荧光谱，圆二色谱，氢同位素交换，核(顺)磁共振，激光拉曼谱，付立叶红外光谱（FTIR）等
第九节 蛋白质结构预测
一、基本概念：
　　　一般指找出蛋白质主链上-和-折叠片的位置。广义上说，是计算或找出每个残基所采取的空间构象
二、二级结构的描述：
　１. 根据 和角与残基构象状态：
　　　　将 =-57º 和  = -47 º为-螺旋
 =-140º 和 = 135 º为-折叠片
非规则结构为无规则卷曲
2. 根据氢键类型分类：
Kabsh和Sander等1983年提出
依据：若蛋白质骨架上第i个残基与第i+1个残基之间形成氢键，则定义为 “n-回折” 。
如果仅有一个n-回折，则定义为-转角；
若有2个n-回折，则定义为-螺旋；
若两个肽片段之间连续3个氨基酸残基有至少两个氢 键，则定义为-折叠
3. 根据微分几何和模式识别理论
将肽链骨架看作是一条三维空间曲线，曲线的几何形状由挠率和曲率两个参数描述。 -螺旋的挠率和曲率为不变的正值；而-折叠有零值挠率和曲率。
三 二级结构预测方法：
（一）Chou-Fasman法：
1974年提出，基于统计学的预测方法，简单，较准确
原理：
统计了29个已知X-ray晶体结构蛋白中4741aa残基在-helix、-sheet、-turn和coil 中出现的频率，调整后得到20种aa形成各种二级结构的倾向因子，分别记作： P 、 P 、 Pt 、 PC 。
由于每种氨基酸在-turn的四个残基处倾向性不同，因此还测定了各自的倾向因子：f i、 f i +1 、 f i +2 、 f i +3
预测原则：
① 氨基酸序列中若连续6个残基中有4个易于形成-helix，则被看作是螺旋的起始，然后向两侧扩展到有破坏-helix的4肽为止。任何长于6aa肽片断，形成-helix的倾向因子
P  , P  P —— 预测为-helix
② 若连续3个，或5个中有3个残基利于形成-sheet，则被看作是折叠片的起始，然后向两侧扩展到有破坏-sheet的4肽为止。任何长于6aa肽片断， P  ，P  P
——预测为-sheet
③ 转角形成的概率: Pf = f i  f i +1  f i +2  f i +3  10 -4
且：形成转角的平均倾向因子 Pt ， P < P  P
——预测为-turn
（二）GOR法：
Garnier 和 Robson 提出，基于信息理论
基本理论依据：
将肽链上一连串的R基侧链看作是一种信息。
x— aa的构象状态，y —代表某种特定的aa
P(x/y) —y出现后x出现的概率，P(x) —x自身出现的概率
则： y在出现x中提供的信息可表示为：
I (x,y) = log [ P(x/y) / P(x) ]
若： y对x无影响，则 P(x/y) =P(x) ，并且I (x,y) =0
y有利于x的产生，则 P(x/y) P(x)， I (x,y)  0
y不利于x的产生，则 P(x/y) <P(x