GROMACS 快速用户指南
2014 年11 月
中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心
版本信息
Gromacs-
提示
要求使用bsub提交作业，详情请见“元”系统一期用户手册 （作业调度系GROMACS 快速用户指南
2014 年11 月
中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心
版本信息
Gromacs-
提示
要求使用bsub提交作业，详情请见“元”系统一期用户手册 （作业调度系统使用）
软件信息
平台：x86_64
版本：Gromacs-
目录信息
软件安装在/soft/apps/Chem/gromacs/
设置环境变量
在~/.bashrc文件尾部加载如下内容：
module unload compiler
module load compiler/intel/
module unload mpi
module load mpi/impi/
source /soft/apps/Chem/gromacs//
bsub提交作业范例（请根据需要修改相应参数）
进入数据所在目录：
串行任务
bsub -W 5 -n 1 -q cpu -o % -e % "mpi mdrun_mpi –g "
并行任务
bsub -W 5 -n 20 -q cpu -o % -e % "mpi mdrun_mpi –g "
临时文件
目前默认的都是在数据所在目录下。
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