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R语言入门教程
报告内容
一 R简介
二 函数与对象
三 编写脚本
四 R绘图
五 编写函数
六 数据保存
一 R 简 介
R语言的由来
R语言是从S语言演变而来的。
S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室brary(vegan)
This is vegan -3
Warning message:
练习二 安装并导入程序包
安装程序包
程序包>从本地zip文件安装程序包
调用程序包
library(vegan)
library(ape)
查看帮助文件
如何知道ape程序包内部都有哪些函数？
最常用的方法：
1 菜单 帮助>Html帮助
2 查看pdf帮助文档（从程序包下载页面下载）
查看帮助文件
1 help("")
2 ?
3 ("")
4 apropos("")
5 RGui>Help>Html help
6 查看R包pdf手册
帮助文件的内容
以lm函数为例：
lm(stats) #函数名及所在包
Fitting Linear Models # 标题
Description #函数描述
Usage # 默认选项
Arguments # 参数
Details # 详情
Author(s) # 作者
References # 参考文献
Examples # 举例
练习三 查看帮助文件
打开ape软件包的帮助文件
library(ape)

输入 ?
将其中的Example文件粘贴到Console中，查看运行的结果。
图形界面之一：R Commander
图6 R commander 界面 library(Rcmdr)
界面操作代码
结果输出
为什么要学习编程?
界面操作直观易学，但也存在一些不足：
操作的过程难以保存，数据处理不够灵活，在进行步骤繁多的数据处理工作时十分费时费力；在建立模型或自己编写函数时也会遇到困难。而这些困难可以通过编程解决。
学习R编程，首先要了解R的函数、对象及其操作。
二 R函数与对象
数据表的行与列
物种数
科数
属数
海拔
坡度
类型
样方1
40
15
22
600
25
山顶
样方2
51
12
26
350
30
山坡
样方3
46
11
20
390
45
山坡
样方4
38
12
24
260
20
低地
样方5
49
10
25
220
33
低地
行名Row names
字符串
列名 Column names
每列可看做带名称的向量
表1 数据表、数据框与向量
字符串、因素
每行作为一个Entry
R的函数
R是一种解释性语言，，输入后可直接运行。
函数形式
function(对象，选项= )
平均值 mean()
线性回归 lm(y~x, data=test)
R处理的所有数据、变量、函数和结果都以对象的形式保存。
R的函数
每一个函数执行特定的功能，后面紧跟括号，例如：
平均值 mean()
求和 sum()
绘图 plot()
排序 sort()
除了基本的运算之外，R的函数又分为高级和低级函数，高级函数内部嵌套了复杂的低级函数，例如plot()是高级绘图函数，函数本身会根据数据的类型，经过程序内部的函数判别之后，绘制相应类型的图形，并有大量的参数可选择。
部分函数
计算
log(x)
log10(x)
exp(x)
sin(x)
cos(x)
tan(x)
asin(x)
acos(x)
min(x)
max(x)
range(x)
length(x)
统计检验
mean(x)
sd(x)
var(x)
median(x)
quantile(x,p)
cor(x,y)
()
lm(y ~ x)
()
()
统计检验
lm(y ~ f+x)
lm(y ~ x1+x2+x3)




glm(y ~ x1+x2+x3, binomial)

...
图7 箱线图修饰前后(左：默认值，右：修改属性后)
boxplot(count ~ spray, data = InsectSpra