比较基因组学与分子进化.ppt

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Comparative genomics and molecular evolution
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11/24/2010
演讲人姓名
反向遗传（水稻吸收铁为案例）
: 模式生物基因功能（）
生物数据库的使用
　　 序列获得和比对分析，，
：基因结构分析和功能预测()
进化分析－－构建进化树
　　　 GFP构建验证生物学功能
: 非模式生物功能研究
　　　　花生
: 非模式生物功能研究
植物寄生线虫
原核细胞与真核细胞的基因结构比较：
原核细胞
真核细胞
不同点
相同点
原核细胞
真核细胞
不同点
编码区是
连续的
编码区是间隔的、不连续的
相同点
都由能够编码蛋白质的编码区和具有调控作用的非编码区组成的
http:///
01
http:///
02
Some cases :
http:///
1
http:///
2
Some cases :
多序列比对数据库
数据库名称
描述
网址
BLOCKS
类隐与模型库,无空隙

CDD
保守结构域数据库

Interpro
联合了PROSITE, PRINTS, ProDom, Pfam, SMART, TIGRfam的资源

iProClass database
来自PIR

MetaFAM
联合了6个数据库的蛋白质数据库
/
Pfam
隐马模型库
/
PRINTS
SwissProt/TrEMBL的蛋白指纹
/
ProDom
利用PSI-BLAST对Swiss Prot蛋白质数据聚类

PROSITE
蛋白质模体字典

SMART
简单分子构架研究工具
-/
TIGRFAMs
蛋白家族的隐马模型库
-hmm/
Predict features of aligned objects
Make patterns
Can make a profile or a pattern that can be used to match against a sequence database and identify new family members
Motif/profile can be used to predict family membership of new sequences
Databases of motif/profile
PROSITE (http://)
BLOCKS (http:///blocks/)
http://
序列相似性比较和序列同源性分析
1
就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；
序列相似性比较：
是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等；
序列同源性分析：
2