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上海交通大学
硕士学位论文
乙型肝炎病毒逆转录酶基因自然序列特征分析
姓名:韩悦
申请学位级别:硕士
专业:临床医学内科学(传染病学)
指导教师:张欣欣
20061001
乙型肝炎病毒逆转录酶基因自然序列特征分析

摘要

背景和目的: 乙型肝炎病毒(HBV)全球慢性感染率约 5%,亚洲是高发区,
HBV 自身的和宿主免疫反应的差异是导致临床转归多样性的主要原因。HBV 逆转
录酶(RT)是目前核苷(酸)类抗病毒药物作用的靶点,相关位点变异能导致抗
病毒治疗失败。本研究的目的是通过对未接受抗病毒治疗患者血清中的 RT 自然
序列特征进行分析,建立 RT 分子流行病学资料库,为今后进一步纵向研究 HBV
体内分子演变及其感染发展过程、临床抗病毒药物最佳靶位点选择、以及 HBV
耐药性的防治奠定基础。
材料和方法: 采集了 2005-2006 年度上海、深圳、安徽、无锡、长春等省
市共 342 例未接受核苷类药物治疗的慢性 HBV 感染者血样,采用聚合酶链反应特
异性扩增 HBV RT 区进行序列测定,并分析其基因变异、基因型及亚型。采用
logistic 回归分析相关性,双侧检验。根据遗传距离建立系统生发树。通过序
列深层分析获得 RT 自然核苷酸序列和氨基酸序列的保守度和理化等特征。
结果:在该组慢性 HBV 感染者中,HBV 基因 B 型占 %(其中 %为
B2 型),C 型占 %(其中 %为 C2 型),1 株 D 型;南方以 B 型为主,北
方以 C 型为主。B 型感染者平均年龄 岁,C 型感染者 岁,差异有显著
性。HBeAg 阳性者年龄小、DNA 水平高;HBeAb 阳性者年龄大、DNA 水平低。与十
年前 HBV 基因库序列比较分析发现,在未抗病毒治疗的自然状态下,HBV 病毒株
的遗传距离变化与自然变异速率没有显著差异。对 RT 序列的深层分析结果显示:
总核苷酸使用率、第二位和第三位密码子核苷酸使用率,以及二核苷酸使用率存
在显著区别,T 密码子占优势。不同复制能力的病毒株之间的权重矩阵分值
(PWMS)有差异。作为优势株,M204V/I/S 位点的变异率为 %,A181T/V 变异
率为 %,其余耐药相关变异位点的总变异率为 %;杂合状态的位点总变异
率为 %。
结论:自然状态下存在的 RT 区变异可能是导致原发性或继发性治疗失败的
原因。上述 RT 的这些特点可能与其充分利用宿主肝细胞复制系统来提高自身的
转录与翻译效率有关,需进一步证实。本研究所建立的核苷类药物治疗前患者血
清 RT 资料库为今后进一步纵向研究 HBV 体内分子演变及其感染发展过程、临床
抗病毒药物最佳靶位点选择、以及 HBV 耐药性的防治奠定了基础。

关键词: 乙型肝炎病毒,逆转录酶,未治疗患者, 系统发生,基因型,变异
乙型肝炎病毒逆转录酶基因自然序列特征分析
CHARACTERISTIC ANALYSIS OF TREATMENT NAIF
HEPATITIS B VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE SEQUENCES

ABSTRACT

Background/Aim: Hepatitis B virus (HBV) is a pathogen that chronically afflicts about
5% population worldwide, with overwhelmingly high prevalence in Asia. The kaleidoscopic
diversity of its clinical course is determined not only by host immunological reaction, but also
may be affected by the virus itself. The reverse transcriptase of HBV is the target of antiviral drug,
RT mutants can cause treatment failure. Our aim is to construct a treatment naïf RT sequence
database, by analyzing and characterizing these data, bined with the follow-up data,
could help in the future