[赞]R语言教程笔记-入门级2--知其然.docx

R编程笔记2简介突出特点:【多领域的统计资源】目前在R网站上约有2400个程序包,涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、空间分析、系统发育分析、生物信息学等诸多方面。【免费】缺点:【占用内存】所有的数据处理在内存中进行,不适于处理超大规模的数据。【运行速度稍慢】即时编译,约相当于C语言的1/20。CRAN:work。由世界几十个镜像网站组成网络,提供下载安装程序和相应软件包。各镜像更新频率一般为1-2天。推荐镜像:中国的镜像:数学所:http://ftp./mirrors/CRAN/即时更新的CRAN源:-/界面下如下()R程序包(Rpackages),具有详细的说明和示例。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等,window下是zip形式,安装时不要解压缩。R程序包是R功能扩展,特定的分析功能,需要用相应的程序包实现。例如:系统发育分析,常用到ape程序包,群落生态学vegan包等。常用R程序包ade4 利用欧几里得方法进行生态学数据分析adephylo 系统进化数据挖掘与比较方法ape 系统发育与进化分析apTreeshape 进化树分析boot Bootstrap检验cluster 聚类分析ecodist 生态学数据相异性分析FD功能多样性分析geiger 物种形成速率与进化分析Graphics 绘图lattice 栅格图maptools 空间对象的读取和处理mefa 生态学和生物地理学多元数据处理mgcv 广义加性模型相关mvpart 多变量分解nlme 线性及非线性混合效应模型ouch 系统发育比较pgirmess 生态学数据分析phangorn 系统发育分析picante 群落系统发育多样性分析raster 栅格数据分析与处理seqinr DNA序列分析sp 空间数据处理spatstat 空间点格局分析,模型拟合与检验splancs 空间与时空点格局分析stats R统计学包SDMTools 物种分布模型工具vegan 植物与植物群落的排序,(),如果已经连接到互联网,在括号中输入要安装的程序包名称,选择镜像后,程序将自动下载并安装程序包。例如:要安装picante包,("picante"):Packages>installpackagesfromlocalfiles选择本地磁盘上存储zip包的文件夹。程序包导入及使用程序包的中函数,都要先导入,再使用导入:library(vegan)包中函数使用方法同R自带的函数使用方法一样。查看帮助文件1>查询程序包内容:1菜单帮助>Html帮助2查看pdf帮助文档2>查询函数使用介绍:1?>Help>Htmlhelp3apropos("")4help("")("")6查看R包pdf手册3>解读帮助文件:lm{stats}#函数名及所在包FittingLinearModels#标题Description#函数描述Usage#默认选项Arguments#参数Details#详情Author(s)#作者References#参考文献Examples#举例例:帮助>R函数帮助(文本)>弹出>点“确定”后弹出下面网页或录入函数与对象R函数函数形式R是一种解释性语言,输入后可直接给出结果。功能靠函数实现。函数名(输入数据,参数=…)例:平均值mean(x,trim=0,=FALSE,...)线性模型lm(y~x,data=test)函数种类低级VS高级(泛函)Help>Htmlhelp>packageslog()log10()exp()sin()cos()tan()asin()acos()()()()glm(y~x1+x2+x3,binomial)()常用统计函数如下:返回值返回序号举例:箱线图绘制函数的调用boxplot(day~type,data=bac,col="red",xlab="Virus",ylab="days")day~type,以type为横轴,day为纵轴绘制箱线图。(type,day都是向量对象(后面会介绍))data=bac数据来源bac(bac为数据框对象)col=“red”箱线图为红色xlab=“Virus”横轴名称为Virusylab=“days”纵轴名称为days对象R处理的所有数据、变量、函数和