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PDB数据库简介1精选生物数据库的种类2精选生物数据库的种类序列数据库核酸序列数据库(EMBL、GenBank、DDBJ)常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)结构数据库蛋白质结构数据库(PDB)蛋白质分类数据库(SCOP、CATH)其它数据库3精选ProteinDataBank蛋白质结构数据库/home/、基本概况美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库(ProteinDateBank)。PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(ResearchCollaborationforStructuralBioinformatics,RCSB)负责。5精选1、数据来源主要通过实验(X射线晶体衍射,核磁共振,电子显微镜方法等)测定的生物大分子的三维结构。主要是蛋白质的三维结构,还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。信息原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。6精选2、数据结构结构记录名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。显式序列信息隐式序列信息以关键字SEQRES作为显式序列标记,以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。即为立体化学数据,包括每个原子的名称和原子的三维坐标。7精选3、数据查询PDB中的记录有唯一的PDB-ID,包括4个字符串,可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成,如1LDM。PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询,可按一些专门的查询项目(如提交数据、作者姓名、结构表达)进行检索。是pdb文件在数据库中的编号,从PDB数据库下载结构常会得到一个以这个编号命名的pdb文件,、简单使用搜索栏高级搜索9精选搜索到408条结果精化搜索结果检索CDK210精选