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MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件,其界面十分友好,即使初学者也很易上手。1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式,如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。首先,打开Mega程序,有如下图所示的操作界面:单击工具栏中的“File”按钮,会出现如下图所示的菜单:从上图可以看出,下拉菜单有“OpenData”(打开数据)、“ReopenData”(打开曾经打开的数据,一般会保留新近打开的几个数据)、“CloseData”(关闭数据)、“ExportData”(导出数据)、“ConverToMEGAFormat”(将数据转化为MEGA格式)、“TextEditor”(数据文本编辑)、“PrinterSetup”(启动打印)、“Exit”(退出MEGA程序)。单击“OpenData”选项,会弹出如下菜单:浏览文件,选择要分析的数据打开,单击“打开”按钮,会弹出如下操作界面:此程序操作界面,提供了三种选择数据选择:NucleotideSequences(核苷酸序列)、ProteinSequences(蛋白质序列)、PairwiseDistance(遗传距离矩阵)。根据输入数据的类型,选择一种,点击“OK”即可。如果选择“PairwiseDistance”,则操作界面有所不同;如下图所示:根据遗传距离矩阵的类型,如果是下三角矩阵,选择“LowerLeftMatrix”即可;如果是上三角矩阵,选择“UpperRightMatrix”即可。点击“OK”按钮,即可导入数据。如果是核苷酸数据,则读完之后,会弹出如下对话框:如上图,如果是编码蛋白质的核苷酸序列,则选择“Yes”按钮;如果是不编码蛋白质的核苷酸序列,则点击“No”按钮。之后,会弹出如下操作窗口:此作界面的名称是“SequenceDataExplorer”,在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等,然后是一些数据处理方式的快捷按钮,在操作界面的左下方是每个序列的名称。显示序列占了操作界面的绝大部分,与第一个序列相同的核苷酸用“.”表示,发生变异的序列则直接显示。2、遗传距离的计算点击Mega操作主界面的“Distances”按钮,会弹出一个下拉菜单。如下图所示:从上图易知,此菜单包括如下选项:“ChooseModel”(选择模型,即选择计算遗传距离的模型)、“ComputePairwise”(计算遗传配对差异)、“ComputeOverallMean”(计算包括所有样本在的平均遗传距离)、“ComputeWithGroupMeans”(计算组平均遗传距离)、“ComputeBetweenGroupsMeans”(计算组间平均遗传距离)、“BetweenGroupsMeans”(计算组间平均净遗传距离)、“ComputeSequenceDiversity”(计算序列分歧度)。“ComputeSequenceDiversity”选项包括四个子菜单:“MeanDiversityWithinSubpopulations”(亚群体部平均序列多态性)、“MeanDiversityforEntirePopulation”(整个人群平均序列多态性)、“MeanInterpopulaionalDiversity”(群体部平均序列多态性)、“CoefficientofDifferentiation”(遗传变异系数)。点击“ChooseModel”选项,会弹出如下操作界面:从上述操作界面可以看出,通过此对话框可以选择计算遗传距离的模型等。“DataType”显示数据的类型:Nucleotide(Coding)(编码蛋白质的DNA序列)、Nucleotide(不编码蛋白质的DNA序列)、AminoAcid(氨基酸序列)。通过“Model”选项可以选择,计算遗传距离的距离模型。点击“Model”一行末端的按钮会弹出一选择栏。如上图所示,对于非编码的核苷酸序列Mega程序提供了八种距离模型:“NumberofDifference”(核苷酸差异数)、“P-distance”(P距离模型)、“Jukes-Cantor”(Jukes和Cantor距离模型)、“Kimura2-Parameter”(Kimura双参数模型)、“Tajima-Nei”(Tajima和Nei距离模型)、“Tamura3-parameter”(Tamura三参数模型)、“Tamura-Nei”(Tamura和Nei距离模型)、“LogDet(Tamurakumar)”(对数行列式距离模型)。对于编码的核苷酸序列,其遗传距离模型如下图所示:如上图所示,对于编码蛋白质的DNA序列,Meg