这是个人类同口袋妖怪一同生活世界，有没有数人梦想成为杰出口袋妖怪训练员，我们主角也是其中之一。而且，她有着不输给任何人信念…………
这里是マサラ小镇，即使宁静，但却很小，小说就从这个小镇开始。我们主角是拥有雄心壮志小孩，怎么可能甘愿呆在自己小屋里打FC？男子汉就应该到外面去闯闯嘛。不过出门之前，先从电脑里把小恢复药（キズぐすり）拿出来。
“喂，小孩，小心草丛！”主角刚想离开村子进入草丛，便听到背后有些人喊叫。原来是这个镇上名人——オーキド博士，她可是口袋妖怪教授。
“草丛里生活着口袋妖怪，你打搅了它们生活。自己身边没有口袋妖怪保护是很危险。跟我来吧。”于是，博士便把一无所知主角带到了她研究所。
研究所里，博士孙子，也是主角劲敌在等候着博士给她口袋妖怪。再博士交代几句以后，便让主角先从三个小妖怪中挑选一个。待主角拿定注意以后，博士孙子也会挑选一个，当然是克制主角属性那一只（真赖皮~）。
好了，最终有了自己小妖怪，呵呵。主角等不及想要开始自己冒险，然而还没有走出研究所，劲敌就已经下了战书。“我们先来战斗一次看看吧”
盛情难却啊，打就打吧。博士孙子可是很厉害，要不怎么配当劲敌呢。（不过说归说，再厉害也不顶用，主角毕竟是主角，呵呵）。即使她小妖怪是克自己属性，不够好在一开始没有对应属性攻击技能，火拼应该拼过她，再说我们还有药呢。
最终还是主角还是赢了，离别了博士和母亲以后，主角离开了小镇踏入草丛之中。果然和博士说一样，在草丛中隐匿了和多小妖怪，时不时出来攻击主角。好在它们等级全部很低，应该没问题。
很快就来到了トキワ村，即使也是小村落，不过比家乡可是要大很多。二话不说，先到口袋妖怪中心（PC）中去恢复一下，然后就开始办正事吧。来到SHOP，看来店长已经在等主角了，她给了主角おとどけもの要主角带回去给博士（不知道我刚出来吗？又要回去~莫非把我当跑腿？）。赶快回去给博士，博士也不给主角吃亏，给了主角口袋图鉴，以后就能够用图鉴查找看到过小妖怪了。同时5个妖怪球到手，这就意味着能够抓野生小妖怪了。谢别博士后主角继续自己冒险旅程。在回トキワ村前先去自己家隔壁，也就是劲敌家里，女主人会给主角地图，方便了很多。
最终又回到了トキワ村，不过这里也太小了，不够看，唯一一个会馆还进不去，先去下一个城市看看吧。不过主角刚要出村，却不一个老头叫住了。原来她是要教主角抓小妖怪（对各位玩家来说没有必需吧，不过还是看一下，不要辜负人家好心^_^）。 而且她还给了主角一个手提电视（新要素！！好象是教你怎么战斗，具体功效慢慢研究）。
一直向北走，来到了トキワ村森林，森林里有很多口袋妖怪训练员，这里昆虫系妖怪比较多，假如之前抓到波波话就没有难度了。草丛中隐藏着道具，对于一开始贫瘠主角来说可千万不要遗漏啊。另外最关键是，这个地方能够抓到皮卡丘，千万不要错过啊（玩口袋没皮卡丘可不行~~）。
最终从阴森トキワ村森林走出来了，明媚阳光下，主角来到了ニビ镇。血气方刚主角在PC少许休息后便冲向了会馆。什么？不认识路？那没关系，小镇右侧出口人心青年会把你带到会馆门口，也就是说，不打败会馆是不能出镇。这个会馆管主是专攻岩石系小刚（就是动画里看到年轻女性就七荤八素那个）。假如当初选妙娃种子或杰尼龟话，能够说这个会馆毫无难度。
最终，有纪念意义第一枚徽章到手！同时得到了39号技能。这时你会发觉背包中多出了わざマシンケース（也是新道具），至于用处么，似乎是让小妖怪学技能用（现在学技能要用道具，道理是讲通了，不过总认为多此一举）。不管怎样，向着下一个目标出发……
刚走出小镇就看到有一位大叔（莫非又要叫我停下？干脆这次我先叫她算了）。果然，这位大叔给了主角跑鞋（哈哈，任天堂最终开窍了，不加入跑鞋一定会被骂死）。
哇，路上好多训练员等着主角呢，莫非出名了吗^_^？尽管我们主角再强劲，经过连续战斗后还是会认为有点吃力，实在不行就往ニビ镇PC多跑几次吧，不会吃亏。
最终，来到了オツキミ山脚下，这里也有PC，真是体贴~~。PC中有一秃头，和她说话她会卖给你鲤鱼王，500块，要不要自己决定…………
进入山洞内，一样有很多训练员和野生妖怪在等候着主角，真是到哪里全部不得安宁。在阴暗山洞中不停探索，来到地下二层，却碰到了一个身穿黑色衣服古怪青年，衣服上还写着R字，看来对主角很不客气，那就较量一下吧。她们便是小说中反派人物——火箭队（既然你诚心诚意问了…………），以后还要碰到数次恶战。一顿摸爬滚打后最终找到了出口。出口处，一个穿白大褂男子等在那里，看来是她们老大。打到她以后，主角能够从两块化石中挑选一块妥善保管，以后能够孵化化石系妖怪。另一块则被她拿走。（战斗明明是我赢了，应该全部归我才对…………）。这个
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