Arlequin的使用说明.docx

Arlequin功能的概述
Molecular diversity—分子多态性
Mismatch distribution—错配分布
Haplotype frequency estimation—单倍型频率估计
Linkage disequilibrium —连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联
Hardy-Weinberg equilibrium—哈温一伯格平衡
Tajima's neutrality tes— Tajima 中性检测
Fu' s neutrality testFu 中性检测
Ewens-watterson neutrality tes^Ewens-watterson 中 性检测
以上三个中性检测都是基于无限位点模型,适用于 DNA sequenced RFLP单倍
型。
Chakraboety's amalgamation tesHChakraboety's 融合检测，检测人群的均一性 和同质性，和中性选择等。
Minimu Spanning Network（MSN ,最小扩张树或称之为最小支撑树， 给予分子 差异。
AMOVA-分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构
Parwise genetic distances 遗传距离的估计
Exact test of population differentiation—检测随机交配群体单倍型的非随机分 布
Assignment test of genotype—通过估计等位基因平率将单个基因型分被盗特 定的人群中。
*arq为扩增名
方法：用Clustalx比对后保存一个PHY格式的文件，在DNAsp中打开该文件， 点击Generate中的Haplotype date file ,设置considered,其余的参数不变，在其 中的Generate中选其中的Arlequin Haplotype List即可保存下用 的文件的格式（在import date中可以进行文件格式的转换，Arlequin的数据转化 为 Arlequin、Genepop Biosys、phylip、Mega、WinAmova）
Project title所分析数据的名称
Genotypic date输入数据是单倍型还是双倍性
Gametic phase确定输入数据中配子片段是否已知
Recessive date确定输入数据是否为阴性
Date type：输入数据的类型
Missing date：缺失数据用什么字符表示
选中右侧的设置情况，如果输入的数据的形式属于配子片段已知的单倍型数据或基因型数 据，则操作界面如下
位点的数目、杂合的水平■等.
Molecular diversity indices:隔离位点的数目(s)、单倍型的数目(nh)、单倍型的多 样性(Hd)
Compute minmum spanning network among haplotype利用每个居群的单倍型数据 计算最小支撑树和最小支撑扩张网络图。
Molecular distance：选择遗传距离，包括配对差异距离和核苜酸差异数的白分比。
Theata (Hom):通过估计观测到的纯质性 H而得到一个参数
Theata(s):通过估计观测到的隔离位点 S的个数而得到的一个参数
Theata (k):通过估计观测到的等位基因 K的个数
Theata (兀)通过平■均配对差异数而得到的一个参数。
点击Browse，选择要分析的数据，如下图
* Arlequiii 3. 1 [C:/DociiBent s and Set t ing s/AdAinist r at lequinJ 1 _
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