arlequin的使用说明.doc

Arlequin功能的概述
Molecular diversity—分子多态性
Mismatch distribution—错配分布
Haplotype frequency estima式中包含了所要设置的数据的情况
设置后，出现如下的数据：
点击Start ,就会进展分析，将会得到一系列的结果。出现的结果在一个与原来的文件名一样的文件夹，运行的结果是Html文件。
AMOVA,是指对分子差异性的分析。它通过对所研究居群进展不同层次的归类和划分，可界定不同的遗传构造并进展统计学检验，从而估计出群体间、群体以及个体间不同层次所表现出的差异占总变异的多少，这种方法可以讨论不同海拔高度、不同语系、以及地理群体间是否存在相应的遗传变异。
Locus by locus AMOVA 每个基因单独进展分子差异性的分析
Include in individual level for genotypic data 包括个体间金银分歧度协方差组成和相关的固定指数。它计算出的是观察到的基因间的差异。
Number of permutations 用来检测方差组成和固定指数的置换数的值，如果数值是0则不会有任何检测结果。
pute minimum spanning network among haplotype 利用分子差异计算并绘制单倍型之间的系统树。
Genetic strcture中的population parision选项，会出现如下的界面
Population paration 计算人群之间不相似指数〔遗传距离〕的大小，如Fst〔短片段的基因的遗传距离〕和Nei’s〔人群之间和人群部的平均背对差异〕。
putation of Fst：计算所有配对人群的Fst值。
Renyolds’s distance：计算Renyolds’s等线性化的Fst，这适合于分歧时间较短的样本。
Slatkin’s distance：计算源于配对间的Fst的Slatkin’s遗传距离。
Pairwise difference：计算Nei’人群部和人群之间的平均配对差异数。
pute relative populations：计算所有背对人群之间的相对人群大小，也可以计算人群之间的分析时间。
出现的几个界面的设置
Configuration
Project wizard
Import—e*port
Structure editor
Arlequin setting
Arlequin configuration
ELB setting
AMOVA setting
LD setting
Neutrality test
Output
Input文件的建立：
[Profile]
Title="An e*ample of DNA sequence date"
NbSamples=29
GenotypicData=0
MissingData="""
DataType=DNA
LocusSeparator=NONE
[Data]
[[Samples]]
SampleName= "DC1"
SampleSize= 5
SampleData={
Hap7 1 G--TGAAC---TCGAT--AC--------G---T--TG--A-
Hap10 1 G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T---TG-A-
Hap20 3 G--TGA--AC-TC-AT--AC---------G--T---TG-A-
}
SampleName= "LH1"
SampleSize= 5
SampleData={
Hap1 1 A-GTGAACA--TCA-T--AC---------G--T---TGA--
Hap2 1 A-GTGAAC---TCA-T--AC---------G--T---TGA--
Hap8 1 G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T--TGG-A-
Hap17 1 GT--GAAC---TC-AT--AC--G-----G---T---TG-A-
Hap20 1 G--TGA--AC-TC-AT--AC---------G--T---TG-A-
}
SampleName= "LH2"
S