深圳地铁共规划16条线路，总长5853公里，设站357座。其中组团快线4条、干线6条、局域线6条，另规划城际线4条。
具体线路规划如下 ：
1号地铁线路：罗湖火车站至机场北干线，总长度441公里；
2号地铁线路：蛇口至东门干线，总长度313公里；
3号地铁线路：保税区至坪地干线，总长度492公里；
4号地铁线路：皇岗口岸至观澜干线，总长度272公里；
5号地铁线路：前海湾至大剧院干线，总长度424公里；西端预留远景向南延伸的条件；宝安至布吉段站距较大，基本可达到快线功能要求
6号地铁线路：松岗至龙华火车站快线，总长度372 公里；
7号地铁线路：罗湖太安西丽动物园局域线，总长度289 公里；
8号地铁线路：国贸小梅沙局域线，总长度259公里；
9号地铁线路：罗湖火车站上沙局域线，总长度178 公里；
10号地铁线路：海上世界松岗干线，总长度422公里；
11号地铁线路：福田中心区松岗快线，总长度497公里；
12号地铁线路：体育新城坑梓局域线，总长度364 公里；
13号地铁线路：海上田园塘坑快线，总长度481公里；预留远景南延至盐田的条件
14号地铁线路：福田中心区坑梓快线，总长度507 公里；
15号地铁线路：前海路石岩田心局域线，总长度247公里；预留远景西延接5号线的条件
16号地铁线路：益田村平湖大望局域线，总长度295公里；预留远景北延经东莞凤岗接12号线的条件；南部预留至深港边境河套地区的支线
总长度合计5853 公里。
穗莞深城际线福田中心区广州联系深圳核心区与前海－宝安、福永、沙井、东莞长安－虎门、莞城、广州等地；由11号线在松岗预留向西北延伸与东莞段线路衔接的条件，条件成熟时利用11号线轨道直通福田中心区。
深莞城际线龙华火车站莞城联系深圳中西部龙华、光明与东莞松山湖、莞城等地；由6号线在光明预留向北延伸与东莞市域轨道快线R1线衔接条
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