蛋白质结构预测原理和方法.ppt

第六章　蛋白质结构预测的原理与方法
主要内容
§ 概述
§ 蛋白质结构分析
§ 二级结构预测  
§ 三级结构预测
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ExPASy
主要分析软件资源
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§ 概述
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一、基本概念
蛋白质结构预测：指从蛋白质的氨基酸序列预测出其三维空间结构。
蛋白质折叠：指蛋白质的氨基酸序列可折叠成具有生物活性的三维空间结构。
第二套遗传密码：蛋白质的氨基酸序列与其三维空间结构间的关系。
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序列模体（motif)：通常指蛋白质序列中相邻或相近的一组具有保守性的残基（或称基序），它与蛋白质分子及其家族的功能有关。
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二、蛋白质结构数据的获得
圆二色性（circular dichroism, CD），描绘了不对称分子的用左右圆偏振光吸收差异谱表示的光学活性。在160-240nm的CD光谱可以快速了解蛋白质的二级结构，因为α螺旋，β折叠和卷曲产生不同的CD谱。
　X射线晶体衍射
　核磁共振光谱（nuclear magnetic resonance spectroscopy， NMR）
三、蛋白质结构预测要解决的问题
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蛋白质结构预测问题
“序列-结构-功能 ” 三者之间的关系
….-Gly-Ala-Glu-Phe-….
FUNCTION
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又称蛋白质侵染因子。朊病毒是一类能侵染动物并在宿主细胞内复制的小分子无免疫性疏水蛋白质。
目前发现的由朊病毒引起的疾病并不多， 主要有：人类中的库鲁病（Kuru病）、克—雅氏综合症（CJD）、格斯特曼综合症（GSS）及致死性家族性失眠症（FFI），动物中的水貂脑软化病，羊搔症，马鹿和鹿的慢性消瘦病（萎缩病），猫的海绵状脑病，疯牛病。这些疾病主要是引起神经系统和肌肉组织的损坏。
案例：朊病毒