单晶结构解析
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主要包含五个程序:XPREP, XS, XP, XL, XCIF
主要文件:, , , ,
Select Option [P]:
判断晶格类型:
判断标准:I/(I) ?
*
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SEARCH FOR HIGHER METRIC SYMMETRY
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Option A: FOM = deg. ORTHORHOMBIC P-lattice R(int) = [ 3032]
Cell: Volume:
Matrix:
Select Option [A]:
寻找最高对称性:
判断标准:R(int),尽量选用最高对称性,R(int)。
不要随意降低对称性。
若太多不能在一屏上显示时可中断,再查阅生成的PRP文件
*
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确定空间群:
按照晶系,晶格类型,E值统计,消光特点来判断空间群,并给出了可能的空间群及其对应的综合因子CFOM,CFOM越小,空间群的可能性越大,CFOM小于1表明建议的空间群很大可能是正确的,而大于10则很可能是错误的,小于10的空间群一般认为可以接受的。
空间群的类型
centro
non-centro
chiral
*
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SPACE GROUP DETERMINATION
……
Mean |E*E-1| = [expected .968 centrosym and .736 non-centrosym]
Chiral flag NOT set
Systematic absence exceptions:
b-- c-- n-- 21-- -c- -a- -n- -21- --a --b --n --21
N 247 240 237 6 156 155 153 6 74 74 76 11
N(I>3s) 231 224 221 4 144 141 127 0 70 68 66 3
<I>
<I/s>
Option Space Group No. Type Axes CSD R(int) N(eq) Syst. Abs. CFOM
[A] P222(1) #17 chiral 5 26 3032
[B] P2(1)2(1)2 #18 chiral 3 359 3032
Select Option [B] :
E值统计并不很准确,大部分晶体都是有心的,应该尽量选取有心空间群,只有在有心空间群无法解释时才选用无心空间群,而且最后还必须检查化合物以确认确实不具有心对称性。
*
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结构的解析(XS)
1) 结构解析的基本原理
XS用直接法或Patterson法解决相角问题,试验性找出部分原子或重原子的位置(坐标)
* 所谓直接法(direct methods),就是运用数学的方法,利用不同衍射点的关系,从大量强度数据中,直接找出各个衍射点的相角,从而达到解析晶体结构的目的。其过程概括如下:
a 将|Fo|转化为归一化结构因子|Eo|
b 建立可以利用正切公式的三相角及四相角关系
c 赋于起始相角
d 利用正切公式精修相角
*
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e 计算诊断指标,判断各套相角的质量
f 采用诊断指标最佳的相角数据计算解析电子密度图,即E图
* Patterson法是其本人1934年提出,通常只用来解析含有重原子的结构
用这种方法时,首先利用重原子的特征峰,即Harker峰,求出重原子坐标,再通过Fouri
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