生物信息学名词解释.docx

生物信息学名词解释.docx失对序列相似性的影响，序列中的空位的引 ： 是进化树中处于一组被分析物种
入不代表真正的进化事件，所以要对其进行 之外的，具有相近亲缘关系的物种。
： 研究大量生物数据复杂关系
罚分，空位罚分的多少直接影响对进化时间的系
用那些含量高的同功 tRNA 所对应的密码
较的序列。 P98
统树称为系统发育图，是引入时间概念的支
子，这种效应称为密码子偏好性。
（ scoring matrix ）： 在相似性检
序图。
索中对序列两两比对的质量评估方法。包括
基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似
： 指由于物种形成事件来自一个
共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相
： 依据综合利用基因
的特征，如剪接位点，内含子与外显子边
界，调控区，预测基因组序列中包含的基 性）和实际进化距离（如 PAM ）两类方法。
似或不同的功能。（书：在缺乏任何基因复
因。
P29
制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能
（ domain）： 保守的结构单元，
（gap）： 在序列比对时，由于序列长
的同源基因。）
包含独特的二级结构组合和疏水内核， 度不同，需要插入一个或几个位点以取得最
（并系）同源： 指同一个物种中具有
可能单独存在，也可能与其他结构域组
佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断
共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，
合。相同功能的同源结构域具有序列的
现象，这些中断的位点称为空位。 P29
这些基因在功能上可能发生了改变。 (书：
相似性。
：空位罚分是为了补偿插入和缺
由于基因重复事件产生的相似序列。 )
32. 超家族 ：进化上相关，功能可能不同 且这些序列尚未集成到 SWISS-PROT 数据库
它位点为都是非简约性信息位点。
的一类蛋白质。 中。 1、生物信息学：生物分子信息的获取、存
（ motif ）： 短的保守的多肽段， (Molecular Modeling Database) ：
贮、分析和利用；以数学为基础，应用计算
含有相同模体的蛋白质不一定是同源 是（NCBI）所开发的生物信息数据库集成系
机技术，研究生物学数据的科学。
的，一般 10-20 个残基。 统 Entrez 的一个部分，数据库的内容包括来 2、2、相似性（similarity ）：两个序列 （核
34. 序列表谱（ profile ）：是一种特殊位 自于实验的生物大分子结构数据。与 PDB 相
酸、蛋白质）间的相关性。
点或模体序列，在多序列比较的基础 比，对于数据库中的每一个生物大分子结 3、3、同源性（ homology）：生物进化过程
上，氨基酸的权值和空位罚分的表格。 构，MMDB 具有许多附加的信息，如分子的
中源于同一祖先的分支之间的关系。
矩阵： PAM 指可接受突变百分 4、4、同一性（ identity ）：两个序列（核
生物学功能、产生功能的机制、分子的进化
率。一个氨基酸在进化中变成另一种氨 历史等 ，还提供生物大分子三维结构模型 酸、蛋白质）间未发生变异序列的关系。
基酸的可能性，通过这种可能性可以鉴 显示、结构分析和结构比较工具。 5、5、序列比对 （alignment ）：为确定两个
定蛋白质之间的相似性，并产生蛋白质 数据库： 提供关于已知结构的蛋白
或多个序列之间的相似性以至于同源性，而
之间的比对。一个 PAM 单位是蛋白质序
质之间结构和进化关系的详细描述，包括蛋 将它们按照一定的规律排列。
列平均发生 1% 的替代量需要的进化时 白质结构数据库 PDB 中的所有条目。 SCOP 6、6、生物数据库检索 （database query ，
间。 数据库除了提供蛋白质结构和进化关系信息 数据库查询）：对序列、结构以及各种二次
矩阵： 模块替代矩阵。矩阵中
外，对于每一个蛋白质还包括下述信息：到 数据库中的注释信息进行关键词匹配查找。
的每个位点的分值来自蛋白比对的局部块中 PDB 的连接，序列，参考文献，结构的图像 7、7、生物数据库搜索 （database search) ：
的替代频率的观察。每个矩阵适合特定的进 等。可以按结构和进化关系对蛋白质分类， 通过特定序列相似性比对算法，找出核酸或
化距离。例如，在 BLOSUM62 矩阵中，比
分类结果是一个具有层次结构的树，其主要 蛋白质序列数据库中与待检序列具有一定程
对的分值来自不超过 62%一致率的一组序