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关于提高生物类专业《生物信息学》教学的一些建议
生物信息学是在生命科学、计算机科学和数学的基础上逐步发展而形 成的一门新兴交叉学科，其实质就是利用信息科学与技术对生物数据进行
获取、处理、存储、发布、分析和解释，进而揭示纷繁复杂的数据中和软件的更新换代非常频繁，如果教师所讲授的在线服务器、分析软件、
讲解实例都不是当前最普遍的，学生学完后打开最新的在线服务器或是相
关分析软件依然不会操作。
教学方法和教学手段存在不足。生物信息学教学普遍采用普通教室
多媒体讲授， 而生物信息学课程是一个实践操作课， 学生经常要动手操作，
普通多媒体教学与实践操作教学相脱节。传统的讲授很难与实践教学效果
相比，很多学生虽完成了生物信息学课程学习，也接受了很多生物信息学
的理论知识，但在进入大四阶段做课题研究完成毕业论文时，遇到需要在
数据库查询序列、用软件分析序列或蛋白性质、结构特点等问题时依然束
手无策。
二、生物类专业生物信息学课程教学建议
调整教学大纲。对于生物类专业的学生来说，生物信息学是生物研
究中的辅助工具，不需要掌握生物信息学算法或软件编程细节，而是培养
学生运用生物信息学的方法来解决生物研究中遇到的问题，比如能够应用
检索工具查找序列等相关的数据信息、利用比对软件或是BLAS帷线服务
器对感兴趣的序列进行比对分析、选择适当的建树方法对DNAg蛋白序列
进行系统发育树的构建、可分析蛋白序列信息并预测其三维结构以及引物
设计等。因此对于生物类专业学生的教学，应重点培养学生的实践能力，
尤其是关于数据库的使用和分析软件的操作，使他们以后在生物相关领域
的工作中能学以致用，所以对于当前生物类专业的培养目标应以应用为核
心安排教学大纲。据此，确定了以下的教学内容：教学内容共54 学时，
分为理论基础和上机实践两部分。理论教学内容共36 学时包括：生物信
息学绪论、生物信息数据库的查询与搜索、基因和蛋白质序列比对、序列
拼接、生物进化与分子系统发育分析、基因预测与引物设计、蛋白质结构
及其预测、计算机辅助药物设计；上机实践共18 学时包括：常用生物数
据库的查询与搜索、核酸序列检索与分析、多重序列比对和系统发育树的
构建、PCRSI物设计及评价、蛋白质序列分析及结构预测。
教学内容主次分明。由于生物信息学技术及分析手段更新迅速，教
学内容会显得越来越臃肿，作者建议对于生物类专业的学生可以以生物信
息学方法的掌握和生物信息学工具的应用来设计教学内容，关于生物信息
学本身涉及到的一些数学模型和编程算法，可简略讲授，教学过程中尽量
把有限的教学学时用到以生物信息学为工具解决生物学研究问题的教学
中去，避免“面面俱到”的灌输式教育。例如，对于讲授序列比对这一章
的知识，关于序列比对所使用的方法PAMff口 BLOSU矩阵，对于如何采用
数学方法构建这些计分矩阵过程可略过，只需简要介绍PAMF口 BLOSUN巨
阵的概念意义以及用途，重点放在如何使用生物信息学软件进行序列比
对，并理解各参数设置的意义。另外，在生物信息学各教学内容模块中涉
及到的相关数据库及软件种类繁多，其数量在不断增加，版本也在不断更
新。例如在讲授生物信息数据库的查询与搜索这一章节时，涉及到的数据
库有核酸序列数据库、蛋白质