生物信息学名词解释.pdf

： 研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学 象，这些中断的位点称为空位。P29 引序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序 （neighbor-joining method）：是一种不仅仅计算两两比
检索系统：是 NCBI 开发的核心检索系统，集成了 NCBI 列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连 对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行
的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索 成直线。 限制，能够克服 UPGMA 算法要求进化速率保持恒定的缺陷。
引等特点。 ：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这 （MP）：在一系列能够解释序列差异的的进化树中
：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需 些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大 找到具有最少核酸或氨基酸的进化树。
进行检索的序列要 与数据库中的每个序列做相似性比较。 P94 量的生物学问题。 （ML）：它对每个可能的进化位点分配一个概率，
（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中 ：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而 然后综合所有位点，找到概率最大的进化树。最大似然法允许采用
检索并进行相似性比较的序列。P98 可以通过分子进化推断出物种起源的时间。 不同的进化模型对变异进行分析评估，并在此基础上构建系统发育
（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的 ：通过一