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生化(一)名词解释
第一章蛋白质的结构与功能
Biochemistry
生物化学
定义:运用化学的方法和理论研究生命物质的学科。
任务:了解生物的化学组成、结构及生命过程中各种化学变化。
方法:如光谱分析、同位素标记等。
amino acid
氨基酸
是多肽与蛋白质的基本组成单位。
肽
peptide bond
肽键
由一个氨基酸的α-羧基与另一个氨基酸的α-氨基脱水缩合而形成的化学键。
peptide
肽
由氨基酸通过肽键缩合而形成的化合物。
peptide unit
肽单元
参与肽键的四个原子(C、O、N、H)和两个相邻的Cα原子(Cα1、Cα2)位于同一平面,Cα1和Cα2在平面上所处的位置为反式构型,此同一平面上的六个原子构成了肽单元。
oligopeptide
寡肽
由二十个以内氨基酸相连而成的肽。
polypeptide
多肽
由二十个以上的氨基酸相连形成的肽。
polypeptide chain
多肽链
许多氨基酸之间以肽键连接而成的一种结构。有方向性,多肽链从氨基末端走向羧基末端。
neuropeptide
神经肽
脑内一类重要的肽,在神经传导过程中起重要作用。
residue
氨基酸残基
肽链中的氨基酸分子因为脱水缩合而基团不全。
protein
蛋白质
由许多氨基酸通过肽键相连形成的高分子含氮化合物。
simple protein
单纯蛋白质
只含氨基酸的蛋白质。
conjugated protein
结合蛋白质
蛋白质部分+非蛋白质部分(辅基)
prosthetic group
辅基
isoelectric point, pI
等电点
在某一pH的溶液中,氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势及程度相等,成为兼性离子,呈电中性。此时溶液的pH值称为该氨基酸的等电点。
蛋白质的分子结构(二三四为高级结构)
primary structure
一级结构
在蛋白质分子从N-端至C-端的氨基酸排列顺序。主要的化学键是肽键,有些蛋白质还包括二硫键。一级结构是蛋白质空间构象和特异生物学功能的基础,但不是决定蛋白质空间构象的唯一因素。
secondary structure
二级结构
蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构,即该段肽链主链骨架原子的相对空间位置,并不涉及氨基酸残基侧链的构象。主要结构有α-螺旋(α-helix) 、β-折叠(β-pleated sheet)
、β-转角(β-turn)、无规卷曲(random coil)。主要化学键是氢键。
tertiary structure
三级结构
整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置。即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。主要的化学键: 疏水键、离子键、氢键和 Van der Waals力等。
quaternary structure
四级结构
蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用,称为蛋白质的四级结构。亚基之间的结合主要是氢键和离子键。
super-secondary structure
超二级结构
在许多蛋白质分子中,可发现二个或三个具有二级结构的肽段,在空间上相互接近,形成一个有规则的二级结构组合,被称为超二级结构。二级结构组合形式有3种:αα,βαβ,ββ。
motif
模体
二个或三个具有二级结构的肽段,在空间上相互接近,形成一个特殊的空间构象,称为模体。模体是具有特殊功能的超二级结构。
domain
结构域
分子量较大的蛋白质常可折叠成多个结构较为紧密的区域,并各行其功能,称为结构域。
chaperon
分子伴侣
分子伴侣是一类帮助新生多肽链正确折叠的蛋白质。它可逆的与未折叠肽段的疏水部分结合、解离,如此重复进行防止错误的聚集发生,使肽段正确折叠。分子伴侣对于蛋白质分子中二硫键的正确形成起到重要作用。
subunit
亚基
有些蛋白质分子含有二条或多条多肽链,每一条多肽链都有完整的三级结构,称为蛋白质的亚基。
homodimer
同二聚体
由2个亚基组成的蛋白质四级结构中,若亚基分子结构相同,称之为同二聚体。
heterodimer
异二聚体
由2个亚基组成的蛋白质四级结构中,若亚基分子结构不同,则称之为异二聚体。
polymorphism
多态性
molecular disease
分子病
由蛋白质分子发生变异所导致的疾病,病因为基因突变。(镰刀型红细胞贫血)
cooperativity
协同效应
一个寡聚体蛋白质的一个亚基与其配体结合后,能影响此寡聚体中另一个亚基与配体结合能力的现象,称为协同效应。
如果是促进作用则称为正协同效应(positive c