蛋白质蛋白质相互作用习题.doc

蛋白质蛋白质相互作用习题
1. 生物信息学的定义及主要研究内容
利用计算机存储、检索、分析、预测生物分子组成与结构的科学
2. 目前世界上主要的基因组数据库、蛋白质序列数据库及蛋白质结构数据库是什么
基因组数据库:GenBank、EMBL、DDBJ;蛋白质序列数据库:SWISS-PROT 、PIR、NCBI蛋白质数据库;蛋白质结构数据库:PDB
3. Sequence alignment 的定义是什么?
将两个序列的各个字符(代表核苷酸或者氨基酸残基)按照对应等同或者置换关系进行对比排列,其结果是两个序列共有的排列顺序,它是序列相似程度的一种定性描述
4. 什么是多重序列比对
多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区域,也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。
5. 什么是BLAST?
是Basic Local Alignment Search Tool 基本局部比对搜索工具的英文缩写。
6. BLAST包含哪些子程序,分别有什么功能?
BLAST 包含5个子程序:
blastn 为核酸—核酸比对程序,用户输入一个核酸序列可以找到NCBI核酸数据库中与该序
列最相似的序列。
blastp 为蛋白—蛋白比对程序,用户输入一个蛋白质序列可以找到NCBI蛋白数据库中与该
序列最相似的序列。
blastx 为核酸—蛋白比对程序,用户输入一个核酸序列,程序会将其按照6种读码形式翻
译成蛋白质序列,然后在NCBI蛋白数据库中找到与该序列最相似的序列。
tblastn 为蛋白—核酸比对程序,用户输入一个蛋白质序列,程序按照氨基酸密码子将蛋白
序列转换成核酸序列,然后在NCBI核酸数据库中找到与该序列最相似的序列。 tblastx 为核酸—核酸比对程序,用户输入一个核酸序列,程序会将其按照6种读码形式翻
译成蛋白质序列,同时将数据库中的核酸序列也按照6种读码形式翻译成蛋白质序列,然后比较转换后的蛋白质序列相似性,进而找到核酸数据库中与该序列最相似的序列,该程序运算量很大,比对速度也最慢。
7. 在序列相似性较差的比对中,blastn 参数如何设定更可能找到相似序列?
降低Expect threshold,降低Word size。
8. 在NCBI数据库中refseq_rna 和 refseq_genomic 分布代表什么数据库,有什么特点? refseq_rna为参考rna数据库,refseq_genomic 为参考基因组数据库,参考数据库都是经过人工审核的数据库,具有较高的可
信性。
FASTA格式?
文件第一行以大于号开头,随后为任意文字说明,第二行为序列信息,使用核酸或氨基酸序列符号。
10. 在BlastP程序中PAM模型和BLOSUM模型分别用于哪种搜索。
PAM模型可用于寻找蛋白质的进化起源,而BLOSUM模型则用于发现蛋白质的保守域。
11. Blast结果中的E-value是什么?
12. 如何进行电子克隆?电子克隆时需要注意哪些事项?
13. 构建进化树有哪些常用的方法,哪些适合于远缘序列进化树构建?
MEGA5 工具栏中的Phylogeny提供5种常用系统进化树的构建方法