SSR技术原理,方法及步骤.docx

SSR技术
1. SSR简介
说明:简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR),简单重复序(SSR)也称微卫星DNA,其串联重复的核心序列为1-6 bp,其中最常见是双核苷酸重复,即(CA) n和(TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同,重复单位数目10-60个,其高度多态性主要来源于串联数目的不同。
SSR标记的基本原理:根据微卫星序列两端互补序列设计引物,通过PCR反应扩增微卫星片段,由于核心序列串联重复数目不同,因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物,将扩增产物进行凝胶电泳,根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。在真核生物中,存在许多2-5bp简单重复序列,称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守,可设计双引物进行PCR扩增,揭示其多态性。
SSR具有以下一些优点:(l)一般检测到的是一个单一的多等位基因位点;(2)微卫星呈共显性遗传,故可鉴别杂合子和纯合子;(3)所需DNA量少。显然,在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DNA序列的信息。如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序。
SSR的分类:根据SSR核心序列排列方式的不同,可分为3种类型:1)完全型(perfect),指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。如: ATATATATATATATATATATATATATATATATAT;2)不完全型(imperfect),指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3 。如:ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT;3) pound) ,指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。如:ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
SSR在植物基因组中的分布:SSR广泛分布于各种真核生物的基因组中,大约每隔10~50kb就存在一个SSR。哺乳动物中的SSR的数量大约为植物中的5~6倍。在植物中,;双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物,,;核DNA中的SSR数量多于细胞质DNA
中的SSR,绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区,3碱基重复型多位于编码区。
微卫星的利用价值:由于核心序列重复数的不同,等位的SSR位点可呈现出多态性(SSLP,simple sequence length polymorphism)。大多表现为共显性遗传,有的表现为显性遗传。由于SSR DNA两侧序列(离开20bp以上)表现出保守特征,所以可设计出上下游PCR引物,扩增出包含SSR的DNA序列。微卫星分析常用于:遗传图谱构建;种质鉴定;遗传多样性分析;标记辅助选择(MAS,marker- assistant seletion,marker- aided seletion);基因定位;数量性状基因座(QTL)分析;系谱分析;亲源关系鉴定等。
SSR引物的来源:借鉴其他近缘种序列。1)通过筛选文库、测序开发自己的SSR