细粒棘球蚴中国大陆株谷胱甘肽s.doc

细粒棘球蚴中国大陆株谷胱甘肽s
推导氨基酸序列分析及同源性比较将测序鉴定的目的基因序列推导的氨基酸与NCBI/GenBank上发表的乌拉圭株EgGST氨基酸序列进行比较分析。结果表明推导的谷胱甘肽s-转移酶氨基酸序列是由219个氨基酸残基组成,与已发表氨基酸序列比较有一个氨基酸的差异(阴影加黑标记),同源性达99%(见图3)。
用DNAman 对不同生物谷胱甘肽s-转移酶的氨基酸序列进行同源性比对EgGST与多囊棘球蚴GST(MuLtiple granulosus GST,MgGST)氨基酸同源性为99%,EgGST 与曼氏血吸虫GST(Schinosome mansoni GST,)同源性为78%,EgGST与姜片虫GST(Fascila hepatica GST,)同源性大于50%(见图4,5)
图5 几种代表性的蠕虫GST的同源进化树
通过DNAstar和Biosun 软件对谷胱甘肽s-转移酶的二级结构及抗原表位进行预测,SODEL对蛋白的三维结构进行模拟。
蛋白二级结构的预测(biosun)软件。
Biosun软件对抗原表位肽段的分析(见图6和表1)表1 预测的抗原肽
DANstar 软件对抗原表位肽段及二级结构的预测分析(见图7)图7 EgGST抗原表位及二级结构的分析预测 DNAstar 软件对谷胱甘肽s-转移酶抗原表位肽段的预测结果与Biosun 预测的结果基本符合。对氨基酸序列的分析数据见表2。表2 谷胱甘肽s-转移酶氨基酸序列的分析
3 讨论
随着基因组和功能基因组研究的广泛开展,生物信息学理论和方法也得到了迅猛发展和广泛应用。本实验室于2006年成功克隆出细粒棘球蚴中国大陆株EgGST,并注册到GenBank获得登陆号为:EF 077179。本研究克隆的EgGST基因开放阅读框长度为660bp,推导编码219个氨基酸,其基因序列与Genbank公共数据库检索出的细粒棘球蚴诊断抗原EgGST基因序列的同源性比较发现,它们的基因序列同源性为99%,编码的是同一种蛋白质氨基酸的同源性为99%。此外,我们应用Biosunn、DNAstar蛋白质预测软件及SODEL在线软件,对EgGST蛋白的抗原表位、二级结构、亲水性、可塑性、抗原指数和三维结构等进行预测和模拟,希望从中搜索尽可能多的关于蛋白质结构与功能的信息,为包虫病的诊断及疫苗的研制提供服务。蛋白质二级结构预测可以作为确定抗原表位的辅助手段。α-螺旋、β-片层结构规则,形态固定,常处于蛋白质内部,难以与抗体嵌合;而转角和无规则卷曲多处于蛋白质表面,结构突出,利于抗体结合,成为抗原表位的可能性极大[2]。亲水性参数分析认为蛋白亲水部位与蛋白抗原位点密切相关