第九课电泳图谱的图像分析.pptx

回顾FunctionalanalysisState1State22DEPMFMS/MSLC-MS/MSDatabasesearchDifferentialanalysis?电泳图谱的图像分析简介whatcanwegetfromimageanalysis?双向凝胶电泳技术是目前蛋白质组研究的主要技术之一,双向电泳根据等电点和分子量可一次性分离数千种蛋白质,经染色后蛋白质再PAGE上可形成密度不同、分布不均的复杂点图谱。如何有效的对双向凝胶电泳图像分析,如何对图谱上的蛋白质点进行检测、定量、比较、分析和归类,挖掘有价值的蛋白质点的信息是双向电泳分析软件所要解决的问题。PDQuest软件简介PDQuest软件是显示(imaging)、分析(analyzing)双向电泳图谱&数据库查询的一个软件包硬件:一定的电脑配置,Pentirm166处理器,64M内存,3G硬盘,1024*768分辨率,256色,SCI接口,windows操作系统软件:PDQuest双向凝胶图像分析软件,Bio-RadLaboratory,Hercules,CAPDQuest软件的使用以PDQUEST2-D分析软件为例将双向电泳分析的基本实验过程做一简单介绍。凝胶的图像处理分析及细胞蛋白谱的建立典型流程凝胶图像的扫描:图像加工:斑点检测和定量:凝胶配比:数据分析:数据呈递(report)2-DE数据库的建立:PDQuest软件PDQUEST2-D分析软件系统和其他2-D分析软件系统一样,包括:一图象采集与加工:二斑点检测三斑点匹配四数据分析及输出PDQuest软件的使用/download/pdquest/Lessons/、图象采集与加工(editingimages)1、扫描:凝胶染色后用清华紫光扫描仪扫描,透射模式,全彩RGB,分辨率为400dpi-800dpi,尽量排除气泡,文件以tiff格式保存。2、图片加工:在PDQUEST2-D分析软件中打开以tiff格式保存的文件可以。(单击“打开文件”图标和“File”菜单并选择“Open”命令,选择保存2-D图象文件的磁盘、路径和文件名,双击文件名或单击“Open”以打开2-D图象文件,此时tiff格式保存的文件会自动另外创建一个为PDQUEST2-D分析软件自定义的文件格式2DScan。)单击工具栏上的controltheimagedisplay图标,会出现一个对话框,通过改变此对话框的High和Low的值以改变明亮度。