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DNAMAN 使用方法





6. PCR引物设计

DNAMAN 使用方法
DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN Demo version为例,简单介绍其使用方法。打开DNAMAN,可以看到如下界面:
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有九个常用主菜单,
第二栏为工具栏:
第三栏为浏览器栏:
在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel工具条,DNAMAN提供20个Channel,点击Channel工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel中可以节约存取序列时间,加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel中。
以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。

(1)通过File/Open命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。
(2)通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,和要分析的片段等参数。
2. 以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框,如图所示:
根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:
Sequence & Composition: 显示序列和成分
plement Sequence :显示待分析序列的反向互补序列
Reverse Sequence :显示待分析序列的反向序列
Complement Sequence :显示待分析序列的互补序列
Double Stranded Sequence :显示待分析序列的双链序列
RNA Sequence :显示待分析序列的对应RNA序列

将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框,如下所示:
按扭,出现下列对话框:
输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。

Cutter 酶切识别序列长度;End 酶切产生的末端,其中包括,Blunt(平头末端),5’Overhang(5’突出粘性末端),3’Overhang(3’突出粘性末端),系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后,点击按钮执行操作。
(Dot parision)
要比较两个序列,可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot parision(点矩阵比较)通过Sequense/Dot parision命令打开比对界面,如下图:
点击对比界面左上角的按钮,出现下列对话框: