单核苷酸多态性芯片分析胰腺癌基因组杂合性缺失.doc

单核苷酸多态性芯片分析胰腺癌基因组杂合性缺失
作者:林连捷,林艳,郑长青,刘香,金玉
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STRONG【摘要】/STRONG目的:研究细胞基因组范围内的杂合性缺失(LOH),:应用高密度单核苷酸多态性(SNP)芯片,:每一种胰腺癌细胞基因组中都有不同程度的LOH,染色体臂9p的LOH频率最高(19/21,%);白种人和日本人胰腺癌细胞株不同染色体臂出现LOH频率不同,白种人中最常见的LOH是9p(14/14,%),17p(13/14,%),18q(13/14,%)等,而日本人出现频率最高的是13q(6/7,%).白种人和日本人共同的高频率的(50%以上)LOH出现在染色体臂3p,8p,9p,13q,:胰腺癌出现多处LOH;不同种族LOH出现可能频率不同.
STRONG【关键词】/STRONG单核苷酸多态性芯片;杂合性缺失;胰腺肿瘤
STRONG0引言/STRONG
杂合性缺失(lossofheterozygosity,LOH)是一种在肿瘤细胞中常见的DNA异常,LOH区域常含有抑癌基因,与肿瘤的发生有密切关系[1].(singlenucleotidepolymorphism,SNP)芯片在检测DNA拷贝数目异常的同时,,研究来自白种人和日本人的21种胰腺癌细胞株基因组范围的LOH.
STRONG1材料和方法/STRONG
(14种)或日本人(7种).其中白种人胰腺癌细胞AsPC1,BxPC3,Capan1,Capan2,CFPAC1,HPAFII,Hs700T,Hs766T,,,,(,Manassas,VA);MIAPaCa2来自日本细胞库JapaneseCollectionofResearchBioresources(JCRB,Osaka,Japan).日本人胰腺癌细胞株KP1N,KP2,KP3和KP4来自日本组织培养学会细胞库,KLM1和NORP1来自日本东北大学加龄医学研究所,T3M,培养液购自Sigma公司.
(GentraSystems,Minneapolis,MN).根据说明书提取细胞基因组DNA,,,从细胞株中提取DNA后,250ngDNA用2种限制性内切酶XbaI或HindIII消化,,末端进行标志,然后与Affymetrix公司的GeneChip