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常见系统发育软件使用方法
(2012-01-10 19:59:01)
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标签:
杂谈
分类: 系统学软件
1 Paup MP流程: Mac
准备nex文件(interleave和noninterleave均可) →存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→ execute → log file → cstatus → tstatus → hsearch → define outgroup → roottrees → savetrees → describetrees →contree(save to file) →save pict→bootstrap(save tree file) →print bootstrap tree→save pict. →stop log.
 
PC版操作,可将附录批处理文件内容粘贴至nex文件后面,execute即可。
 
2 Paup ML 流程:Mac
准备nex文件(interleave和noninterleave均可) →存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型→生成score file→打开modeltest中的bin读取score数据→生成结果文档→存档并打开此文档→AIC→将begin paup的运算模块贴至原nex数据文件后面→重新将其拖入paup运行→选择ML运算模式→hsearch→打印树图→save pict. →bootstrap.
 
PC版操作,可将附录5批处理文件内容粘贴至nex文件后面,execute即可。
 
3 Garli运算ML流程:
准备nex文件(interleave) →存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→输出noninterleave文档(若直接是noninterleave上述过程省略,又如果是PC机paup,无菜单操作,可在paup命令行中输入附录1*的命令回车即可生成noninterleave数据)。
使用noninterleave文档(数据中类群名称不得有单引号,空格,所有方括号中内容删除)→新建文件夹存入→按照流程2进行modeltest→在苹果机上打开Garli→导入数据→把model定好→run(切记此处不要激bootstrap选项)
将上次运算数据拷贝至一新建文件夹→导入苹果版Garli→激活bootstrap选项→定好model→run
所有结果用paup软件打开→save pict→打开bootstrap树→做50% majority rule contree→save pict.
 
注:Garli苹果和PC版都有,但是操作不同。
数据格式:和算PAUP一样的nexus格式,但是这个格式有很多注意事项,一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题:
1 一定要noninterleave的数据,否则软件无法运算
2 [ ]虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响,里面内容在算之前全部删除为好。
3 taxon名称中可以有下划线但是不得有空格,逗号句点等,否则无法运行。
 
Mac版
GUI的菜单界面,只要有上述正确的nexus格式的数据文件即可运算