LAMMPS手册-中文版讲解.doc

LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码,他可以模拟液体中的粒子,固体和汽体的系综。他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子,聚合物,生物,金属,粒状和粗料化体系。LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子,大到上百万甚至是上亿个粒子。LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率,但是它是专门为并行计算机设计的。他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算,这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序,比如,可以加上一些新的力场,原子模型,边界条件和诊断功能等。通常意义上来讲,LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子,原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的,目的是防止局部粒子密度过高。在并行机上,LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域,把整个模拟空间分成较小的三维小空间,其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。:可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性(自定义)可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型:(atomstyle命令)原子粗粒化粒子全原子聚合物,有机分子,蛋白质,DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场:(命令:pairstyle,bondstyle,anglestyle,dihedralstyle,improperstyle,kspacesty)le对相互作用势:L-J,Buckingham,Morse,Yukawa,soft,PASS),:Coulombic,point-:EAM,Finnis/SinclairEAM,modifiedEAM(MEAM),Stillinger-Weber,Tersoff,AIREBO,ReaxFF粗粒化作用势:DPD,GayBerne,Resquared,Colloidal,DLVO介观作用势:granular,Peridynamics键势能:harmonic,FENE,Morse,nonlinear,class2,quartic键角势能:harmonic,CHARMM,cosine,cosine/squared,PASS)二面角势能:harmonic,CHARMM,multi-harmonic,helix,OPLS,PASS)不合理势能:harmonic,CVFF,PASS)聚合物势能:all-atom,unit