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DNAMAN 软件中文说明书
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用
的 DNA 序列分析工具。本文以 DNAMAN Demo version 为例,简单介绍其使用方法。
打开 DNAMAN,可以看到如下界面:
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏:
第三栏为浏览器栏:
在浏览器栏下方的工作区左侧,可见 Channel 工具条,DNAMAN 提供 20 个 Channel,
(如左所示:)点击 Channel 工具条上相应的数字,即可击活相应的 Channel。每个 Channel 可
以装入一个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入 Channel 中可以节约存取
序列时间,加快分析速度。此版本 DNAMAN 提供自动载入功能,用户只需激活某个 Channel,
然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的 Channel 中。
本文以具体使用 DNAMAN 的过程为例来说明如何使用 DNAMAN 分析序列。
Channel
(1)通过 File Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认 Channel。
(初始为 channel1)可以通过激活不同的 channel (例如:channel5)来改变序列装入的
Channel。(2)通过 Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序
列装入 Channel 。通过 Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个
对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。
2. 以不同形式显示序列
通过 Sequence//Display Sequence 命令打开对话框,如下图所示:根据不同的需要,
可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:Sequence &Composition 显示序
列和成分
plement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列
Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列
Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列
Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列
RNA Sequence 显示待分析序列的对应 RNA 序列
序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入 Channel,点击要分析的 Channel,然后通过 Restriction/Analysis
命令打开对
话框,如下所示:
参数说明如下:
Results 分析结果显示
其中包括:
Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点)
Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶
切模式图)
Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的