DNAStar中文使用说明书.docx

DNAStar中文使用说明书一、EditSeq打开已有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“”开始。假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时,用SetEnds命令去除5’和3’污染序列。z从文件菜单(),选择Open。z打开文件夹“DemoSequences”单击选定单击位于对话框右下角的序列“TETHIS21”。zSetEnds按z,点钮。SetEnds被打开(如右)。在5’框和3’框中键入50和850击OK。单击Open打开序列。当EditSeq窗口打开时,序列长度显示在右上角。通过“settingends,”现在你只有最初序列中的801bp的片段。SetEnds选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。2寻找开放读框在这入门的一部分中,我们将确定序列中最大的ORF,并翻译它。z从SEARCHMENU找到ORF,点击打开会出现右边的对话框。z单击FindNext寻找第一个ORF的位置。z继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在位置183-455。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。DNA序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF,不过任何序列中的读框内部分翻译。如果你的选择是在三联码的读框内,三联码指示棒显示为实心黑线(如左图)。如果都可以用下面的方法进行3你的选择是不在三联码的读框内,左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp,以使所选序列成为三的倍数。z选定ORF,从GOODIESMENUranslate)。z翻译的蛋白菜单中选择翻译(T质序列出现在一个新的未命名窗口中(如右图)。它是使用标准的遗传密码翻译的。4使用其它遗传密码根据你的序列的来源,你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中,我们将标准的遗传密码转换成CiliateMacronuclear密码。odes打开,子菜单显示如左。z单击“CiliateMacronuclear”就实现了遗传密码的转换,EditSeq现在使用的就是CiliateMacronuclear的遗传密码。z同样可以将遗传密码转换为其它类型。遗传密码的编辑这一节中我们修改CiliateMacronucleaz从GOODIESMENU菜单选r的遗传密码。择Editz点击DNAz单击任何要编辑的密码,z密码子,单击SetStarts按钮。第二的遗传密码SelectedCode。这将打开右面的窗口,窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。如以DNA形式展示密码,按钮。编辑时,从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。如使用不同的启始窗就会被打开,可以进行起始密码子选择。5z就会变成绿色,而且列的反向互补及反向转换单击任何氨基酸(或者codon位置),该密码子旁边出现一个箭头,它就被设定为起始密码子了。如要去除,只需单击它即可。如不保存,则单击取消;如要保存,单击保存为。序列的正确输入。ENU菜单,选反向互补序列(plement),AST检索下面的步骤可以用于反向测定的序z选定序列。z从GOODIESM或者把序列颠倒过来(ReverseSequence)命令,则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。BLNCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比z数据库默下面我们将在较。注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网,跳过这部分,继续下一部分。z选定序,或者从EDIT菜单中选择SelectAll。SEARCHMENU),选择BLAST查找。BLAST对话框就会出现。程序默认为blastn,认是nr,参数转换请参照帮助。z单击OK开始查找。6z寻找结果显示为两部分(如下)。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字,下面的部分显示上面部分具体结果。有关“scores网点——re性。BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开,或者保存检索到的序列,或者让你了解更多的有关信息。选定序列与提交序列(上边序列)比较的”和“expectation”的详细的信息在NCBI’..——可以找到。和更低的expectation提示较好的相似zz的对话框出现。序列。如果EditSeq提示至少2序一个单独的EditSeq窗口。下面z小的灰色的对话框出现。下面我们从用“CreateDocument”钮来打开评分最高的5序列开始:单击CreateDocument。一个小z在左上角有一个下拉菜单显示默认(default)。单击下拉菜单框中写入5。,选顶端(Top)。并在右面的文本z单击OK,EditSeq自动查对多余列是同一个,请点击OK。EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列,并分别打开我们