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从 EditSeq 开始 EditSeq 是能够迅速、正确地输入, 并且修改 DNA 或蛋白质序列工具。每个 EditSeq 文件都可以分为三个可编辑的部分,上边的一部分为序列文件,中间的一部分里是评论,底部是序列的注释。 EditSeq 能读取大部分的序列格式——包括 FASTA , GenBank , ABI 、 GCG 和 ASCII 格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外, 序列也许通过使用键盘输入,或者从其他地方复制、粘贴得到。经 Entrez 或 BLAST 检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。序列被打开后, EditSeq 能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译, 或者反翻译, 寻找开放读框, 还可以进行阅读校对。另外, EditSeq 能以 GenBank , FASTA 和 GCG 格式输出序列。如果在使用这软件中需要帮助, 可以和 DNASTAR 联络。电话:( 608 ) 258-7420 , 传真:( 608 ) 258-7439 , 电子信件: support@ ,或者经. 内容打开已有序列 23 寻找开放读框 24 DNA 序列翻译 24 遗传密码选择使用 25 遗传密码修改 25 序列的反向互补及反向转换 26 BLAST 检索 27 序列信息查看 28 序列校读 29 序列的保存与输出 29 打开已有序列我们从用苹果计算机打开“ TETHIS21MA ”和用 Windows 打开“ ”开始。假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用 EditSeq 打开序列的同时,用 Set Ends 命令去除 5 ’和3 ’污染序列。 l 从文件菜单( FILE MENU ) ,选择 Open 。 l 打开文件夹“ Demo Sequences ”单击选定序列“ TETHIS21 ”。 l 单击位于对话框右下角的 Set Ends 按钮。 Set Ends 被打开(如右)。 l 在5 ’框和 3 ’框中键入 50 和 850 ,点击 OK 。单击 Open 打开序列。当 EditSeq 窗口打开时, 序列长度显示在右上角。通过“ setting ends, ”现在你只有最初序列中的 801 bp 的片段。 Set Ends 选择在全部 Lasergene 应用程序中都可以使用。寻找开放读框在这入门的一部分中,我们将确定序列中最大的 ORF ,并翻译它。 l 从 SEARCH MENU 找到 ORF ,点击打开会出现右边的对话框。 l 单击 Find Next 寻找第一个 ORF 的位置。 l 继续点击 Find Next 直到你把 ORF 的位置选定在位置 183-455 。 ORF 的坐标会出现在 EditSeq 窗口的顶端附近。 DNA 序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的 ORF , 不过任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内,三联码指示棒显示为实心黑线(如左图) 。如果你的选择是不在三联码的读框内,左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个 bp ,以使所选序列成为三的倍数。 l 选定 ORF ,从 GOODIES MENU 菜单中选择翻译( Translate )。 l 翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中(如右图) 。它是使用标准的遗传密码翻译的。使用其它遗传密码根据你的序列的来源, 你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中, 我们将标准的遗传密码转换成 Ciliate Macronuclear 密码。 l 从 GOODIES MENU 菜单选择 ic Codes 打开,子菜单显示如左。 l 单击“ Ciliate Macronuclear ”就实现了遗传密码的转换, EditSeq 现在使用的就是 Ciliate Macronuclear 的遗传密码。 l 同样可以将遗传密码转换为其它类型。遗传密码的编辑这一节中我们修改 Ciliate Macronuclear 的遗传密码。 l 从 GOODIES MENU 菜单选择 Edit Selected Code 。这将打开右面的窗口, 窗口显示遗传密码是怎样翻译 DNA 和 RN A 序列的。 l 如以 DNA 形式展示密码,点击 DNA 按钮。 l 编辑时,单击任何要编辑的密码,从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。 l 如使用不同的启始密码子,单击 Set Starts 按钮。第二的遗传密码窗就会被打开,可以进行起始密码子选择。 l 单击任何氨基酸(或者 codon 位置) ,该密码子就会变成绿色,而且旁边出现一个箭头,它就被设定为起始密码子了。如要去除,只需单击它即可。如不保存,则单击取消;如要保存,单击保存为。序列的反