rnai片段sirna设计原则.doc

RNAi片段siRNA设计原则RNAi目标序列的选取原则应遵循以下几个方面的原则:(1)从转录本(mRNA)的AUG起始密码开始,寻找“AA”二连序列,并记下其3'端的19个碱基序列,作为潜在的siRNA靶位点。有研究结果显示GC含量在45%-55%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更为有效。Tuschl等建议在设计siRNA时不要针对5'和3'端的非编码区(untranslatedregions,UTRs),原因是这些地方有丰富的调控蛋白结合区域,而这些UTR结合蛋白或者翻译起始复合物可能会影响siRNP核酸内切酶复合物结合mRNA从而影响siRNA的效果。(2)将潜在的序列和相应的基因组数据库(人,或者小鼠,大鼠等等)进行比较,排除那些和其他编码序列/EST同源的序列。例如使用BLAST(3)选出合适的目标序列进行合成。通常一个基因需要设计多个靶序列的siRNA,以找到最有效的siRNA序列。(4)一个目标基因至少设计3-5个以上的siRNA,平行实验以期提高成功率。据评估,随机设计的siRNA有25%的机会有效沉默基因表达(减少75%-95%以上的mRNA),一半以上的几率能达到50%的沉默效果。(5)siRNA的反义链3’端最好以UU结尾,这被公认是最有效的siRNA结构。现在以其他碱基结尾的siRNA也有报道能成功引发RNAi。以下为一些文献中提出的原则补充,很不错。-ontent<30%or>60%.plexsequenceAvoidsinglenucleotidepolymorphism(SNP)sitesPerformBLASThomologysearchtoavoidoff--.  TomTuschl'srulesSelecttargetedregionfromagivencDNAsequencebeginning50-100ntdownstreamofstartcondonFirstsearchfor23-ntsequencemotifAA(N19).Ifnosuitablesequenceisfound,then,Searchfor23-ntsequencemotifNA(N21)andconvertthe3'endofthesensesiRNAtoTTOrsearchforNAR(N17)ontentofaround50%A=Adenine;T=Thymine;R=uanine(Purines);Y=ThymineorCytosine(Pyrimidines);N= Byexperimentally