《分子遗传图谱构建》PPT课件.ppt

第三章 分子图谱的构建
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分子图谱构建的步骤：
选择适合作图的DNA标记；
根据遗传材料之间的DNA多态性，选择用于建立作图群体的亲本组合；
建立具有大量DNA标记处于分离状态的分离群体或衍生系；
测定作图群体中不同个体或株系的标记基因型；
对标记基因型数据进行连锁分析，构建标记连锁图。
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第一节 作图群体的建立
要构建DNA标记连锁图谱，必须建立作图群体。建立作图群体需要考虑的重要因素包括亲本的选配、分离群体类型的选择及群体大小的确定等。
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一、亲本的选配
首先要考虑亲本间的DNA多态性。
选择亲本时应尽量选用纯度高的材料，并进一步通过自交进行纯化。
要考虑杂交后代的可育性。
选配亲本时还应对亲本及其F1杂种进行细胞学鉴定。
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二、分离群体类型的选择
根据其遗传稳定性可将分离群体分成两大类：
一类称为暂时性分离群体，如F2、F3、F4、BC、三交群体等，这类群体中分离单位是个体，一经自交或近交其遗传组成就会发生变化，无法永久使用。
另一类称为永久性分离群体，如RI、DH群体等，这类群体中分离单位是株系，不同株系之间存在基因型的差异，而株系内个体间的基因型是相同且纯合的，是自交不分离的。这类群体可通过自交或近交繁殖后代，而不会改变群体的遗传组成，可以永久使用。
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（一）F2代群体
优点：
自花授粉植物，还是异花授粉植物，建立F2群体都是容易的。
缺点：
存在杂合基因型。对于显性标记，将无法识别显性纯合基因型和杂合基因型。
由于这种基因型信息简并现象的存在，会降低作图的精度。
为了提高精度，减小误差，则必须使用较大的群体，从而会增加DNA标记分析的费用。
不易长期保存，有性繁殖一代后，群体的遗传结构就会发生变化。
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（二）BC1群体
优点：
BC1群体中每一分离的基因座只有两种基因型，它直接反映了F1代配子的分离比例 。
可以用来检验雌、雄配子在基因间的重组率上是否存在差异 。
缺点：
不能长期保存。
对于一些人工杂交比较困难的植物，BC1群体也不太合适，因为一是难以建立较大的BC1群体，二是容易出现假杂种，造成作图的误差。
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（三）RI群体
RI（重组自交系）群体是杂种后代经过多代自交而产生的一种作图群体，通常从F2代开始，采用单粒传的方法来建立。
优点：可以长期使用，可以进行重复试验。
缺点：
构建RI群体要花费很长时间
异花授粉植物由于存在自交衰退和不结实现象，建立RI群体也比较困难。
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（四）DH群体
高等植物的单倍体（Haploid）是含有配子染色体数的个体。单倍体经过染色体加倍形成的二倍体称为加倍单倍体或双单倍体（DH）。
优点：
DH植株是纯合的，自交后即产生纯系，因此DH群体可以稳定繁殖，长期使用，是一种永久性群体。
DH群体的遗传结构直接反映了F1配子中基因的分离和重组，因此DH群体与BC1群体一样，作图效率是最高的。
DH群体跟RI群体一样，可以反复使用，重复试验，因此也特别适合于QTL定位的研究。
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缺点：
有些植物的花药培养非常困难，就无法通过花培来建立DH群体。
植物的花培能力跟基因型关系较大，因而花培过程会对不同基因型的花粉产生选择效应，从而破坏DH群体的遗传结构，造成较严重的偏分离现象，这会影响遗传作图的准确性。
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