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B-Factor 念书报告
王彤
B-Factor 值，也叫“温度因子” ，是另一个描绘蛋白质灵活性的指标。如果说 RMSF 反应的是蛋白质的动向灵活性，那么 B-Factor 体现的则是蛋白质的静态灵活性。 B-Factor 值是从蛋白质的 X 光衍射晶体构造的数据中获得的，它反
映了原子的电子层的离散程度。一个氨基酸的 B-Factor 值通过平均组成氨基酸的所有原子的 B-Factor 来获得。 B-FITTER就是这样一个软件，从蛋白质的三级晶体构造中提取原子 B-Factor 数据，然后平均，获得所有残基 B-Factor 值，以此权衡蛋白质的灵活性。 但在进行蛋白质柔性地区的预测的过程中需要注意， 即便同一种蛋白质，从不同的晶体构造中获得的 B-Factor值是有所不同的， B-Factor 值跟蛋白质的结晶质量、构造的分辨率有很大的关系。
组成蛋白的氨基酸的 B-Factor 值越大，表示该氨基酸对于稳定蛋白的作用
越小。因此将组成蛋白的氨基酸的 B-Factor 值进行排序，然后将 B-Factor 值高
的氨基酸替换为 B-factor 值低的氨基酸，能够提高蛋白的热稳定性。 详细的操
作方法大概分为四种，分别是 B-Factor 值与 Rosetta design配合确定突变位点与突变氨基酸， B-Factor 值与特殊构造的同源对照确定突变位点与突变氨基酸， B-Factor 值与饱和突变， B-Factor 值与迭代饱和突变。
下面对于四种方法进行详尽的介绍：
1．B-Factor 与 Rosetta design
B-Factor 与 Rosetta design的结合使用是目前最高效的方法之一，首先计算出组成蛋白质的所有氨基酸的 B-Factor值，然后选出 B-Factor值最高的氨基酸，将其输入到 Rosetta 之中，经过 Rosetta计算，确定将 B-Factor 值高的氨基酸突变为何种氨基酸，然后通过定点突变得到突变株。
参照文件：
the Thermostability of Serratia plymuthica Sucrose Isomerase Using ·B-Factor-Directed Mutagenesis
Xuguo Duan , Sheng Cheng , Yixin , Jing Wu
将沙雷氏菌 AS9（AS9 Pal1）的蔗糖异构酶在大肠杆菌 BL21（ DE3）中表达，
在 45℃下 AS9 PalI的半衰期为 20 分钟，表示其不稳定。为了改良其热稳定性，
选择具有更高 B-Factor 的 6 个氨基酸残基作为定点诱变的靶， 并且 RosettaDesign
服务器设计 6 个突变体（E175N，K576D，K174D，G176D，S575D和 N577K）。E175N
和 K576D突变体在初步实验中表现出改良的热稳定性，因此建立了双突变体
E175N / K576D。 详尽表征了这三种突变体 （E175N，K576D，E175N / K576D）。 结果表示，与野生型酶（30℃）相比，三种突变体表现出稍微升高的最适温度 （ 35℃）。