SNP实验标准操作规程.docx

SNP实验标准操作规程.docx一、原理
SNP (Single Nucleotide
Polymorphism)即单核甘酸多态性，是由于单个核昔酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphis m)o据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP,无论是比一、原理
SNP (Single Nucleotide
Polymorphism)即单核甘酸多态性，是由于单个核昔酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphis m)o据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP,无论是比较于限制性片段长度多 态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR),都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的最小单位，据 估计，人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。一般认为，相邻的SNPs倾向于一起遗传 给后代。于是，我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型
(haplotype)。大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率)，它 们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是我 们一旦掌握了这个区域的单体型，就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型获 取大部分的遗传多态模式。
二、样品准备
DNA抽提
1、取新鲜肌肉组织约100mg, PBS漂洗干净，，加入液氮，迅速 磨碎。
加200『缓冲液GA,震荡至彻底悬浮。加入205蛋白酶K (20mg/ml)溶液，混匀
加220『缓冲液GB,充分混匀，37°C消化过夜，溶液变清亮。加220pl无水乙醇，充 分混匀，此时可能会出现絮状沉淀。
将上述一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB中，(吸附柱放入废液收集管 中)12000rpm离心30秒，弃掉废液。
加入500pl去蛋白液GD (使用前请先检查是否已加入无水乙醇)，12000rpm离心30 秒，弃掉废液。
加入700『漂洗液GW (使用前请先检查是否已加入无水乙醇)，12000rpm离心30 秒，弃掉废液。加入5005漂洗液GW, 12000rpm离心30秒，弃掉废液。将吸附柱CB放回废 液收集管中，12000rpm离心2分钟，尽量除去漂洗液。
将吸附柱CB转入一个干净的离心管中，加入1005洗脱缓冲液(洗脱缓冲液应在60- 70°C水浴预热)，混匀，室温放置15分钟，12000rpm离心30秒。洗脱第二次，将洗脱缓冲液 50|jl加入吸附柱中，室温放置15分钟，12000rpm离心30秒。
采用Beckman DU® 640 spectrophotometer检测提取到的基因组DNA 浓度，在OD260处有显著吸收峰。同时检测纯度，
OD260/28。-。
从原液中取出相应体积DNA溶浪，稀释致50ng/ul,原浪置于-70°C保存，稀释浪置于- 20 °C保存。
PCR扩增目的片段
按相关的试剂说明在标准反应管中准备反应体系，典型的PCR反应体系如下（20ul体 系）：
10xBuffer
2ul
Taq酶
1ul
dNTP

上游引物

下游引物

无菌水

DNA模板
1ul
向左扳动仪器盖子上的手柄，揭开仪器盖子