Gromacs教程II(MD结果分析)-.docx

Gromacs 教程 II （MD 结果分析） -
全球中文课程 (二):结果分析
海怀素衣
9MD 结果分析
模拟完成后，可对数据进行分析分析包括三个阶段首先， 有必要检查模拟的移动得更强这些差异将在后面进行定量分析。
当然，蛋白质在卡通模式下看起来更舒服。试试这个命令 :显示卡通。因为中没有二级结构信息。 pdb 文件中，你可能会看到碳骨架是一根粗管子，但你看不到正确的二级结构。 Pymol 可以自动计算蛋白
质的二级结构，但只有一个框架被计算并映射到其他框架。例如，以下命令可以计算第一帧的二级结构 :dss
通过设置状态，可以更改用于计算的帧 :dss state=1000
最后，可以同时查看所有帧，并且可以检查蛋白质的柔性和刚性部
分。设置 all_states=1
请随意练习 Pymol 的用法。尝试扩大柔性或刚性区域，并检查侧链
构象。使用 “光线 ”和“png来”制作图像并不重要，即使它会浪费一些
CPU 时间。但是请记住，如果图像太复杂，可能会导致 pymol 的插
件 ray-tracer 崩溃。在这种情况下，您可以直接使用 “png在”屏幕上获取图像
以下部分，直到 “质量保证 ”，是可选的，最好先完成其他部分。
如果你有足够的时间做这个教程， 或者如果你已经完成了之前的家庭作业，那就拍一部好电影。 你可能会注意到这些轨道有很多噪声，这是热噪声和正常噪声。 但这将对已经制作的电影产生影响。 我们可以屏蔽这些高频运动，只留下低速平稳的整体运动。 为了实现这个目标，使用 g_filter 程序 :
g _ filter-stopol . TPR-ftraj . xtc-olfiltered . pdb-fit-nf 5
现在，将跟踪文件注入 Pymol 计算并显示二级结构 (dss)，显示卡通骨
架上的侧链 (隐藏线，而不是 (名称 c，n，o))被隐藏，蛋白质被着色，然后定向分子设置好视角。现在正在制作电影 :视窗 640，480setray _
trace _ frames，1mpngframe _。png
现在退出 Pymol(退出 )并显示文件路径如你所见，文档的数量要多得多，包括 1000 张图片。以每秒 30 帧的速度，将会产生一部 30 秒的电影。下载 mpeg_encode程序和参数文件 ，并使用它生
成具有单帧图像的 电影(您可能需要 编辑参数文件来 更改文件
名):mpeg_encode
质量确认
在初始轨道图像检查之后，应彻底检查模拟的质量。质量检查包括热力学参数的收敛，如温度、压力、势能和动能。更一般地说，质量保证试图评估 (模拟 )是否达到平衡状态。还需要检查结构的收敛性，用初始结构和平均结构的均方差 (RMSD) 来表示。随后，还必须检查
相邻周期性图像之间是否存在交互， 因为这将导致非物理效应。 最后，质量保证检查包括原子的均方偏差， 可与晶体学数据 b