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KEGG使用说明
KEGG使用说明（来自生物统计家园论坛）
KEGG的数据
KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等谢通路也好，glycolysis也好， gal也好，化合物也好，没那么多限制，KEGG中的相关东西都会检索出来，在这里浏览一下，再进行后续检索，也是一个不错的方法。
当然，代谢通路图，还有其他的查看形式（比如以KO查看），以及图上可以点击，链接到这链接到那，点来点去总能点出奇怪的页面来，熟悉一下也就熟悉了，这些东西会很有用，所以我就不说了。下面讲一下KEGG的自动注释功能。
KEGG的自动注释
     KEGG Automatic Annotation Server，KEGG的自动注释服务简称KAAS。在线网址为/ 。就是你提交一段蛋白质序列或者基因序列（必须是fasta格式），它自动在内部进行相似性比对，找到最相似的基因，并确定检索基因的KO分类，然后给出这些基因所在的代谢通路并以以不同的颜色标示这些基因。如下图：
我在help中随便复制了它的两条示例氨基酸序列，然后粘贴到检索框中，进行了检索。检索框默认的蛋白质序列，如果不是的话要改选。然后填上一个邮箱地址，点击又下角的compute即可。不出意外的话，你在接下来的页面中应该看不到任何结果，甚至连提示都没有，原来它把结果发到你邮箱去了。我也不明白就一个网页链接为什么还硬要发送到邮箱。 首先发你一封信说已经接受，并给你一个期待结果显示的网址，一段时间后，会发你另外一封邮件，说已经完成。打开它给的网址，就能看到结果了，
如下：
看来从1：20开始计算到1：50 才结束，两条氨基酸链计算了30分钟（不过我感觉没这么长呀）。人家说了，计算时间是与要和检索序列对比的目标序列成正比，因此在检索的时候最好限制一下检索范围。
点击html 有两条代谢通量图的条目，点开他们就可以直观地看出我们检索的未知序列在代谢通路中的位置和作用了。Text给出的是两个KO分类。
好像北京大学的生命科学学院也搞了一个KOBA，也是基于KEGG 中的KO进行注释的一个服务，应该和这个差不多吧。
代谢通路的着色
    怎么在KEGG检索出来的代谢通路中给特定的一些化合物或者基因（酶）着色以高亮显示呢？
进入网页 ，或者由pathway主页的Color objects in KEGG pathways进入，看图：
如上图，search against 下拉出你可供选择的代谢通量图，总所周知的一个很烦人的问题就是，在这些下拉列表中，条目排序竟然是乱七八糟的很难索引。还好我发现把焦点定在这个下拉列表的最顶端的文本框上（即文本框变成选中的蓝色），然后在键盘上拼写你要的那个物中的英文单词，只需要拼两三个字符相应的代谢通量图就出现在顶端了。比如我要找酵母的代谢通量图，只需要在文本框变蓝的时候拼写“sacc”这几个字符“Saccharomyces cerevisiae(budding yeast)”就自动被置于上面了。或者不把焦点集中在文本框中也行，但是你要很快地拼写
sacc，否者的话焦点会在以这几个字符开头的条目之间切换。
如上图，右边有示例，这个貌似不要太简单。想给谁着色就把它写出来后面跟上颜色就好了，一个一行。比如写上C00118 blue 就表示在代谢通路图中把C00118这种代谢物（3-磷酸甘油醛，GAP）给着上蓝色。但是大家也看出来了，着色可以自定义背景色，也可以同时定义前景色。我曾一度琢磨前景色是干嘛的，琢磨半天发现没用。背景色就是把方框或者圆圈涂成选定的颜色，这自然是要的；而前景色是谁的颜色， 这几个数字的颜色，或者是小圆圈圆周的颜色，这有必要定义吗，所以后面直接跟一种颜色就行了。
然后就可以了。我随便弄个gal1想去着色，KEGG突然说在酵母中找不到gal1，怎么可能找不到呢？我前面还在GENES中搜过呢，分明是酵母，分明是
gal1,分明搜的到，我当时还大为兴叹，唉，看来基因果然不能乱长啊，怎么可能一顿饭就说找不到了呢？我又回去搜里一下，确实搜的到，我再回来着色还说找不到。发现没有哪里不对呀，难道在这里KEGG着色只能输入基因ID而不能输入名称？不是，输入基因ID能给着色，基因名称也应该能给… 哈哈，我突然大笑起来，一定是KEGG区分大小写了！果然，我把搜到的GAL1输进去，好了！用gal1又