核酸序列的基本分析.ppt

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内容：
污染序列的去除
阅读框架（Open reading frame,ORF）
对分子量、碱基组成、碱基分布、序列转换
酶切位点的识别和分析
重点
DNAM和PRIMER软件的使用
序列污染：指一个被检索序列（如测序的序列）含有一个外源序列因而无法反映其来源物种的真实遗传信息
序列污染的来源
载体（vecscreen）
接头和PCR引物
转座子和插入序列
样品纯度不高
1
2
3
4
5
一、污染序列的去除
CONTENTS
基因序列
01
Part 01
载体序列
03
Part 03
引物
如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，vecscreen
02
Part 02
引物
如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，
1、通过align比对
2、通过vecscreen操作
单击此添加副标题
202X
202X
1、通过align比对可找出扩增gfp的引物gfp 720bp 但突变的gfp 762bp
》GFP1
ATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCC
ATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGC
GAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG
CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC CTGACCTACG GCGTGCAGTG CTTCAGCCGC
TACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTC
CAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAG
TTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGAC
GGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATG
GCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCAAGGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCCG ACAACCACTA CCTGAGCACC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAAGTAA
》GFP2
TAAA GGG ATCC ATGG TGA GCA AGGG CGATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCCATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGCGAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC CTGACCTACG GCGTGCAGTG CTTCAGCCGCTACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTCCAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAGTTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGACGGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATGGCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCTAAGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCCG ACAACCACTA CCTGAGCACC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAA CATCTCG GAATTC TCGCAC
2、通过vecscreen操作找出下列序的载体序列
GCTCCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGGAGAGCGAAATGCTTGATGCTTTTTCTAGAGCTGTAGTTTCAGCAGATGCTAGCACTTCTACCGTATCTGATATTGCTGCTCTGAGAGCCTTTGTTGCTAGTGGTAACAGACGTTTGGATGCTGTAAATGCGATCGCAAGCAACGCTAGCTGCATGGTTTCTGATGCTGTAGCTGGAATGATCTGCGAAAACCAAGGTTTAATCCAAGCTGGTGGTAACTGCTATCCTAACCGTCGTATGGCTGCTTGCTTACGCGATGCAGAAATCGTCTTACGCTATGTAACCTACGCTCTATTAGCTGGTGACGCTTCAGTTCTAGATGATCGTTGCTTAAACGGTTTGAAAGAAACCTACGCTGCTCTAGGCGTACCCACCACCTCTACAGTACGTGCCGTTCAAATCATGAAGGCTCAAGCTGCTGCTCACATTCAAGACACTCCCAGCGAAGCTCGTGCTGGTGCCAAATTGCGTAAGATGGGAACCCCCGTTGTTGAAGATCGTTGCGCTAGCTTAGTTGCTGAAGCTTCTAGCTACTTCGAATCCGCCGTAATCTCCTGCTTTTGAGCTAATTGGATTGGCCACTTTCCAAACTCAACTCACTCCGAGGGGGGGGGCCCCGGTAACCAATTCCGCCCCTATAANTGAGTCGTATTACCCCCCGCTCCNCTGGGCCCGTCTTTT
NCBI首页的sequence analysis
二、阅读框架（Open reading frame,ORF）
01
ORF（从起始密码子到终止密码子）
02
ATG TAA TAG TGA
03
双链，共有潜在的6个阅读框架
04
原因：
05
+，-，链都可以是编码链
06
三联体密码子
07
从1开始，从2开始，从3开始，从4开始，相当于从1开始
08
最长的阅读框架可能是的
09
通过NCBI的ORFfinder操作
GCTCCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGGAGAGCGAAATGCTTGATGCTTTTTCTAGAGCTGTAGTTTCAGCAGATGCTAGCACTTCTACCGTATCTGATATTGCTGCTCTGAGAGCCTTTGTTGCTAGTGGTAACAGACGTTTGGATGCTGTAAATGCGATCGCAAGCAACGCTAGCTGCATGGTTTCTGATGCTGTAGCTGGAATGATCTGCGAAAACCAAGGTTTAATCCAAGCTGGTGGTAACTGCTATCCTAACCGTCGTATGGCTGCTTGCTTACGCGATGCAGAAATCGTCTTACGCTATGTAACCTACGCTCTATTAGCTGGTGACGCTTCAGTTCTAGATGATCGTTGCTTAAACGGTTTGAAAGAAACCTACGCTGCTCTAGGCGTACCCACCACCTCTACAGT