VAMP模块计算过渡态.ppt

使用VAMP软件进行结构优化和过渡态计算
目的: 使用 VAMP 软件研究分子的结构、性质和化学反应的过渡态模块: Materials Visualizer, VAMP
背景: VAMP 是一款半经验分子轨道计算软件,运行稳定快速,可在PC机与工作站之间进行交互式计算。与通常的结构优化方法相比,此软件有许多改进,可优化一些不易计算的结构。VAMP还可以优化过渡态,计算溶液,以及许多电子性质。
引言:本课程将介绍如何使用VAMP 来优化分子,分析结果,计算分子性质,确定化学反应的过渡态。
在第一部分,优化溶靛素的结构,这是一种天然色素。由计算出的波函数分析它的几个性质。
在第二部分,计算产生杂环有机物的过渡态。
内容: 1. 开始
2. 优化溶靛素的分子结构
* 绘制待优化的结构
* 优化溶靛素的分子结构
* 分析VAMP 的输出文件,显示电子性质
3. 寻找硝酮、乙烯反应形成1,3氧氮杂环戊烷的过渡态
* 绘制将要计算的几个结构
* 计算并确定过渡态
1. 开始
新建D:\class 10,
运行 Materials Studio ,
选择 creating a new project,
按确定。
找到建立Project的D:\class 10,
写入indigo_VAMP 作为 project 名称,
单击 OK 按钮
如右图,名为indigo_VAMP 的新 project 出现在 Project Explorer中.
在indigo_VAMP下产生两个新文件夹
如右图,在 Project Explorer中, 鼠标移至indigo_VAMP根目录上,单击右键,选择 New \ Folder 。重复一次,建立两个New Folder。
在New Folder 上单击右键,选择 Rename,分别将两个新文件夹改名为 Indigo和 TS。
2. 优化 indigo分子的结构
(1). 由Materials Studio数据库输入indigo分子的结构
选择 File \ Import ,打开 Import 文件对话框。
在 Project Explorer中, 选中 Indigo 文件夹。
依此由Structures/molecular-crystals/pigments / ,。
双击
双击
双击
,左键单击“打开”,。
现在已经输入了一个
indigo多形体晶体结构。
由上面的晶体结构,可以得到单个indigo分子的结构。
选择 Build \ Symmetry \ Unbuild Crystal ,再单击 Recenter 按钮  ,这样一个indigo分子出现在3D Viewer的中间。
在Modules工具栏上单击 VAMP 按钮,从下拉菜单上选择 Calculation ;或者从菜单栏上选 Modules \ VAMP \ Calculation ,打开 VAMP 计算对话筐。
(2). 优化 indigo 结构
使用半经验 VAMP 软件优化分子的结构。
在 Setup 栏上, 将 Task 由 Energy 改为 Geometry Optimization。 Hamiltonian 设置为 AM1.
现在已经指定了计算任务,使用半经验Hamiltonian 。在Job Control中将Gateway location puter,使用本地机计算。其它设置保持默认值。单击Run运行,关闭对话框。
Project Explorer中打开了一个新文件夹indigo_1 VAMP GeomOpt. 软件以chart 和 text 文件记录了计算的进程。
(3) 分析VAMP 的输出文件,显示电子性质
是结构优化过的 indigo 分子结构。 是VAMP 计算结果的文本输出文件。这一部分我们看看文本输出文件的内容,使用 VAMP 分析工具显示等值面。
VAMP 计算了分子的许多性质。默认情况下,文本输出文件包含了生成热、偶极矩、静态极化率、13C的化学位移。
双击 indigo_1 VAMP GeomOpt 。
按住 CTRL,再按 F ,出现搜索对话框。
写入Heat,单击 Find Next按钮,搜索 Heat,直到找到如下部分文件:
固体物理,核-核间排斥强。电子加入,才凝聚。
VAMP计算出的indigo 的生成热约为39 kcal mol-1
总电子能