过渡态算例..doc

QST 法寻找反应的过渡态 Nov QST 法需要输入分子的起始结构和产物结构, 两个分子的原子序号要求一致, 否则不能运算。下面以 HCO 和 HCOH 的制作说明之。先在 Gview 中制作 HCO ,保存为 ;再制作 HCOH ,保存为 。分别用 Edit –>Atom List …打开两个制作的分子模型, Tag 那一列就是原子的序号,比较两个分子, 发现 和 代表的原子在 HCOH 中颠倒了, 若直接用这样的结构, 提交的时候, 会给出“ Invalid QST job! Atom list ordering must be the same for all input geometries! ”错误。这时,点击 Tag 列中的 和 ,分别改成 和 ,然后把这一列按序号重新排一下( Rows –>Sort Selected ),保存。用 ultraedi t 打开两个分子, 就可以看到所有原子的坐标( 默认是 Cartesia n 坐标,在 Gvie w 中保存的时候, 去掉左下角的 Write Cartesians 的对勾, 就可以保存在 Z-matrix 坐标), 拷贝到高斯输入文件中即可。制作好的输入文件如下: ============================================== #T UHF/-G(d) opt=QST Test HCO –>HCOH Reactions , C . . . H . . . H . . -. H -. -. -. O -. . -. HCO –>HCOH Products , C . . . H . . . H . . -. H -. . -. O -. . -. ============================================== 反应物过渡态产物用 Gaussian 研究过度态( 简明教程,适合零基础,转载+ 错误更正+ 重新排版分节) Exploring Chemistry with Electronic Structure Method =================================================== 输入输出文件介绍--------------------------------------------------- 输入文件#T RHF/-G(d) Test My first Gaussian job : water single point energy O -. . . H -